Ubuntu 10.10または11.04を使用している場合、通知領域はデフォルトで無効になっています。これは、Ubuntuインジケーターを支持するために作成されました。 WebUpd8.org で通知領域を有効にする方法を示すチュートリアルがあります。
それでも、Ubuntu 11.10以降を使用している場合は、通知アイコンの多くを適切なインジケーターに変換できる新しい機能があります。これは自動です。そのため、Ubuntu 11.10のiBusは通常、デスクトップの上部バーに表示されます。
私も同じ問題を抱えていたので、これが役に立つかもしれません。私のPCでは、ibusアイコン（小さなキーボード）が画面アリの右下隅にあり、トレイにはありません。透明なので見にくいです。クリックすると、入力方法を選択できます。