これは バグ だと思います。シェルのパネルを移動できる場合、メニューが画面全体に正しく表示され、ファイル/編集/表示/移動/ブックマーク/ヘルプが表示されます。
これは、Unityがデスクトップのメニューを取得するために実行しなければならないハッキングが原因です。はい、あなたはUnityを使用していないことを知っています。私（Gnome Classic）でもなければ、私もそれを持っています。
残念ながら、それが修正される唯一の方法は、誰かがUnityのメニューの処理方法を改善するか、Unityの実行中にのみそれが行われるようにハックを練ることです。
パッチが浮かんでいます（バグレポートをチェックしてください）が、それが引き込まれるかどうか、いつ来るかは言えませんでした。
同様の問題に対するこのソリューションで説明されているように、gnome-Tweak-toolを使用して、デスクトップを渡すファイルマネージャーをオフにしようとしましたか？