何が起こったのか正確にはわかりませんが、Nautilusのサイドバーには、削除できないランダムなディレクトリがたくさん表示されています。
他のいくつかの機能の中でSudo apt-get purge nautilus && apt-get install nautilus
を使用して再インストールを試みましたが、破損したディレクトリが残っています。何か案は?
まあ、どうやらNautilusが使っているブックマークファイル、~/.config/gtk-3.0/bookmarks
は、サイドバーに意味不明なディレクトリが表示されるエラーログで上書きされました。ブックマークファイルを削除してから再起動して再作成すると、問題は解決しました。