残念ながら、更新マネージャーはモジュールをsites/all/modules
にのみインストールするため( this ページを参照)、サーバーにFTP/SCP /その他のモジュールをインストールする必要があるようです。
いくつかの高度なインストール方法があります ここ が、特定のディレクトリにモジュールをインストールすることは、アップデートマネージャが実行できることではありません。
または、まだ使用していない場合は、間違いなく Drush を試してください。マルチサイト用にDrushを設定する方法についてのかなり良いチュートリアルがあります ここ 。
Drushホームページ
Drushプロジェクトページ
Drush DOページ
虎の巻
ダッシュガイド