ElasticBeanstalkはカスタムAMIではサポートされていません
EC2でデフォルトのAmazonElasticBeanstalkイメージ（php）を起動しました。Apacheにアプリケーションをデプロイできます。AWSBeanstalkでカスタムAMIを使用しようとしていますが、インスタンスにデプロイされません。
カスタムAMIの使用方法は？
Elastic BeanstalkでカスタムAMIを使用するには、AMIにcloud-initをインストールし、起動時に自動的に起動する必要があります。
詳細はこちら： カスタムAMIの使用