topicを直接削除する方法はありません。アプリサーバーがある場合でも同様です。これは、GCMとFCMのドキュメントを調べた後に言えることです。
私の理解では、topicは、少なくとも1人のサブスクライバーがいるときに作成され、サブスクライバーがなくなると自動的に削除されます。したがって、これを行う方法は、そのtopicのすべてのサブスクライバーの登録を解除することだと思います。
購読解除の詳細については、サーバーでのトピック購読の管理docs（両方のサイトでほぼ同じです）事、しかし私はそれらの両方へのリンクを提供することが適切だと思います）：
- https://firebase.google.com/docs/cloud-messaging/topic-messaging#managing_topic_subscriptions_from_the_server
- https://developers.google.com/cloud-messaging/topic-messaging#managing_topic_subscriptions_from_the_server
これが何らかの形で役立つことを願っています。乾杯！ :)