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UbuntuにRパッケージをインストールするための好ましい方法は何ですか？

私はubuntuのRにインストールしていますが、パッケージをインストールするための多くのオプションに少し混乱しています。

従来の方法は、install.package()を実行してR内にインストールすることです。ただし、Ubuntuはapt-getでインストールする可能性を提供します。 OSはパッケージを常に更新するため、これは興味深いものです。利用可能なパッケージは数個しかないため、遅かれ早かれ問題が発生します。最終的には、従来の方法でパッケージをインストールし、さまざまな方法でパッケージをインストールします。これにより、バージョンの問題が発生する可能性があります（？）。

UbuntuにRパッケージをインストールして保持するための好ましい方法は何ですか？

aptpackage-managementr
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user565663

Ubuntuリポジトリで利用できるRパッケージは、R開発コアチームが管理しているパッケージだけだと思います。ほとんどのパッケージと同様に、aptまたはsynapticを介して使用できるパッケージは、常に最新バージョンではありません。幸いなことに、1行のテキストを含む/etc/apt/sources.list.d/CRAN.listに新しいファイルを作成することにより、CRANが管理するソフトウェアソースを追加するオプションがあります。

deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu trusty/

（trusty/をディストリビューションのコード名に置き換えてください。知らない場合は、ターミナルにlsb_release -cと入力してください）。その後（およびapt update）、パッケージマネージャーはr-base、r-base-coreなどのCRANが保持するバージョンを常にインストール（または更新）します。バージョン番号が高いためです。 debianのソースにあるものよりも。 aptがレポジトリが署名されていないことを訴えている場合は、 here を参照してください。

他のすべてのパッケージ（別名「貢献パッケージ」）については、CRANのバージョンが古く、新しいバージョンに必要な機能があることがわかっていない限り、install.packages(c("name_of_package", "name_of_other_package"))を介してR内に可能な限りインストールすることを好みます。 。このような場合、GitHubからdevtools::install_github('AccountName/RepositoryName')でインストールするか、アーカイブをダウンロードして、R CMD INSTALL name_of_package.tar.gz経由でターミナルウィンドウから、またはinstall.packages("/path/to/downloaded/package.tar.gz", repos=NULL, type="source")経由でR内にインストールできます。

完全を期すために、ここに CRAN の公式ガイダンスがあります。

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drammock

通常は、apt-get r-cranを使用してインストールします。これにより、依存関係と更新がよりきれいに処理されるためです。利用できない場合にのみ、R内からインストールを使用します。

R Debianパッケージには2つのリポジトリがあることに注意してください。

  1. 公式R：いくつかのパッケージを提供します。これを含めるには、リンクをリポジトリに追加する必要があります source.listファイルを更新 。これは CRAN-ubuntuページ に記載されており、apt-get updateを実行してからアップグレードします

  2. PPA：Michael rutterは ppa 、 cran2deb4ubunt を提供しており、これにはさらに多くのパッケージが含まれています。いくつかのドキュメントについては、 このブログ の終わりを参照してください。実行する必要があります（更新/アップグレード後）：

     Sudo add-apt-repository ppa:marutter/c2d4u
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Matifou

R 3.5.0では、リポジトリ名が変更され、Michael RutterによってプリコンパイルされたTask Viewsライブラリが cran2deb4ubuntu_3.5 から利用可能になりました。

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user837998