ファイルの場所の変数を作成する合法性
adapter= /Volumes/My\ Passport/Documents/adapters.fa
この変数を作成して、正確なファイル（およびその場所）についてアダプターを参照できるようにすることはできますか？
そのように変数を使用することは完全に合法です。変数を参照すると、そのファイルパスに解決されます。
これは質問の範囲外かもしれませんが、exportまたはsetenvを使用して環境に追加するか、追加しない限り、変数は作成されたシェルの間だけ存続します。 .bashrc（または同様のもの）に変換します。
好きな文字列を変数に入れることができます。ただし、割り当ての等号の前後にスペースを入れることはできません。
adapter=/Volumes/My\ Passport/Documents/adapters.fa
または
adapter='/Volumes/My Passport/Documents/adapters.fa'
この定義の後、シェルで"$adapter"を使用してそのファイルを参照できます。二重引用符に注意してください—引用符がない場合 シェルはスペースで値を分割します 。
open "$adapter"
この定義adapterは、シェルでのみ役立ちます。たとえば、ファイルを開くダイアログに$adapterと入力して、その値を表示させることはできません。どこでも使用できるファイルのショートカットを定義したい場合は、アクセスしやすい場所に シンボリックリンク を作成できます。