従来、MSYS bashはCygwin bashよりも劣ると考えられてきました。前者は、autoconfスクリプトを実行するためのMinGW内の補助ツールでした。しかし、今MinGW-w64とMSYS2があります。後者には、パッケージマネージャーのような甘いパックマンとzshのようなエレガントなシェルが同梱されているため、エミュレーションレイヤーにまだギャップがあるのではないかと思います。
MinGW *アプリケーションはWindowsネイティブの実行可能ファイルですが、MSYS2ソフトウェアには、Cygwinと同様にPOSIXエミュレーションレイヤーが必要です。少なくとも一般ユーザーにとっては、この2つの違いを見つけるのは困難です。
伝統的にMSYS bashは劣っていますが、主にCygwinが活発に開発されているのに対し、MSYSはそうではなかったためです。 MSYSはCygwinバージョン1.3.3から分岐し、再同期されませんでしたが、MSYS2はCygwinプロジェクトと定期的に再同期します。
「パッケージマネージャーのような甘いpacman」はありません。ArchLinuxのpacmanパッケージマネージャーを可能な限り直接再コンパイルします。
MSYS2にはcygwin.dllはありませんが、msys-2.0.dllがあり、これは同じこと(およびその他のこと)を行います。具体的には、パスおよびPATH envのように見える引数。 varは、Windowsネイティブソフトウェアの実行時にWindows形式に変換されます。
遅いかどうかについては、違いはほとんどないと思いますが、MSYS2は余分な変換作業のために少し遅くなります。繰り返しになりますが、CygwinよりもMSYS2内からより多くのWindowsネイティブソフトウェア(MinGW-w64コンパイラーなど)を実行して、MSYS2の恩恵に戻すことができます。