すべてをバックアップした後、新規インストールを行ったときに、いくつかのトレントファイルがダウンロードされました。そのため、ファイルが不完全になったため、バックアップに元のトレントファイル(.torrent)を見つけて再度追加する必要があります。
Deluge FAQ から:
~/.config/deluge/state
(.configディレクトリは通常非表示ですが、Nautilusで非表示ファイルを表示するには Ctrl+H)