ファイルから1行ずつ読み取る必要がある関数があります。行が「>」または「 '」で始まらないと、読み取りが停止します。行をベクトルに格納して返す必要があります。
これはコードです:
#include <cstdlib>
#include <iostream>
#include <string>
#include <stdio.h>
#include <fstream>
#include <vector>
using namespace std;
string getseq(char * db_file) // gets sequences from file
{
string seqdb;
vector<string> seqs;
ifstream ifs(db_file);
string line;
//vector<char> seqs[size/3];
while(ifs.good())
{
getline(ifs, seqdb);
if (seqdb[0] != '>' & seqdb[0]!=' ')
{
seqs.Push_back(seqdb);
}
}
ifs.close();
//return seqs;
//return seqs;
}
int main(int argc, char * argv[1])
{
cout << "Sequences: \n" << getseq(argv[1]) << endl;
return 0;
}
コンパイラ(g ++)は以下を返します。
fasta_parser.cpp: In function ‘std::string getseq(char*)’:
fasta_parser.cpp:32: error: conversion from ‘std::vector<std::basic_string<char, `std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, std::allocator<std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> > > >’ to non-scalar type ‘std::string’ requested`
誰かが何か考えがありますか?
編集:Skurmendelが尋ねるように、私は後にメモリセキュリティ違反のためにコード全体を追加しています
コンパイルされたコードの実行:
#include <cstdlib>
#include <iostream>
#include <string>
#include <stdio.h>
#include <fstream>
#include <vector>
using namespace std;
vector<string> getseq(char * db_file) // pobiera sekwencje z pliku
{
string seqdb;
vector<string> seqs;
ifstream ifs(db_file);
string line;
//vector<char> seqs[size/3];
while(ifs.good())
{
getline(ifs, seqdb);
if (seqdb[0] != '>' & seqdb[0]!=' ')
{
seqs.Push_back(seqdb);
}
}
ifs.close();
return seqs;
}
int main(int argc, char * argv[1])
{
vector<string> seqs; // Holds our strings.
getseq(argv[1]); // We don't return anything.
// This is just a matter of taste, we create an alias for the vector<string> iterator type.
typedef vector<string>::iterator string_iter;
// Print prelude.
cout << "Sekwencje: \n";
// Loop till we hit the end of the vector.
for (string_iter i = seqs.begin(); i != seqs.end(); i++)
{
cout << *i << " "; // Do processing, add endlines, commas here etc.
}
cout << endl;
}
私があなたを理解していれば、getseq()は文字列のベクトルを返すはずです。したがって、変更する必要があります
string getseq(char * db_file)
に
vector<string> getseq(char * db_file)
また、main()で印刷する場合は、ループで実行する必要があります。
int main() {
vector<string> str_vec = getseq(argv[1]);
for(vector<string>::iterator it = str_vec.begin(); it != str_vec.end(); it++) {
cout << *it << endl;
}
}
関数getseq
は_std::string
_を返すように宣言されていますが、別の型の値を返そうとしています-_std::vector
_-したがって、そのコンパイラエラーが発生しました。 _std::string
_型の変数を返す必要があります(ベクターの要素を連結することによって作成されます)。
関数は次のようになります。
_string getseq(char* db_file)
{
string strSeqs;
vector<string> seqs;
... // fill the vector; manipulate with ifstream
for(vector<string>::iterator it = seqs.begin(); it != seqs.end(); ++it)
{
strSeqs += *it;
}
return strSeqs;
}
_
注:関数から返される文字列は非常に大きなオブジェクトになる可能性があり、この場合実際に返されるのはそのオブジェクトのコピー(コピーコンストラクターを呼び出すことによって構築される)であるため、値によって返すのはコストがかかる可能性があります。文字列がout parameterとして宣言されていると、より効率的になります。これは、関数内に入力するだけです。
void getseq(char* db_file, string& strSeqs);
_string strSeqs;
getseq(argv[1], strSeqs);
cout << strSeqs << endl;
_
ベクトルを返そうとすると、メソッドは文字列を返す必要があります。多分あなたはメソッドのシグネチャをに変更する必要があります
vector<string> getseq(char * db_file)
さて、あなたは文字列としてベクトルを返そうとしています。これらは異なるタイプであり、一方から他方への変換が定義されていないため、これは機能しません。関数の戻り値の型はstring
です。
ソリューション1
あなたの場合、行をベクトルに追加するのではなく、文字列に追加できますか?とにかく結果を文字列として使用しています。
Seqsをstring
に変更し、+=
演算子を使用してデータを追加できます。
ソリューション2
戻り値の型をvector<string>
に変更することもできますが、アイテムをループしてmain
に出力する必要があります。
vector<string> getseq(char * db_file)
{
...
return seqs;
}
警告レクター:これはすべてのアイテムをコピーします。これを避けたい場合は、関数への参照としてベクトルを渡して、それに追加します。
イテレータを使用すると、ループは非常に簡単です。
// Get the strings as a vector.
vector<string> seqs = getseq(argv[1]);
// This is just a matter of taste, we create an alias for the vector<string> iterator type.
typedef vector<string>:iterator_t string_iter;
// Loop till we hit the end of the vector.
for (string_iter i = seqs.begin(); i != seqs.end(); i++)
{
cout << *i; // you could add endlines, commas here etc.
}
ベクトルとすべての文字列のコピーを避けたい場合は、getseq
にvector<string>
への参照を指定します。
void getseq(char * db_file, vector<string> &seqs)
{
...
// vector<string> seqs; this line is not needed anymore.
...
// we don't need to return anything anymore
}
次に、代わりにメインにvector<string>
を作成して、上記のコードを作成する必要があります。
// Get the strings as a vector.
vector<string> seqs; // Holds our strings.
getseq(argv[1], seqs); // We don't return anything.
// This is just a matter of taste, we create an alias for the vector<string> iterator type.
typedef vector<string>:iterator_t string_iter;
// Print prelude.
cout << "Sekwencje: \n";
// Loop till we hit the end of the vector.
for (string_iter i = seqs.begin(); i != seqs.end(); i++)
{
cout << *i << " "; // Do processing, add endlines, commas here etc.
}
cout << endl;
コメント後に編集
int main(int argc, char * argv[1])
{
// This is what you need, sorry for the confusion.
// This copies the vector returned to seqs
vector<string> seqs = getseq(argv[1]);
// This is just a matter of taste, we create an alias for the vector<string> iterator type.
typedef vector<string>::iterator string_iter;
// Print prelude.
cout << "Sekwencje: \n";
// Loop till we hit the end of the vector.
for (string_iter i = seqs.begin(); i != seqs.end(); i++)
{
cout << *i << " "; // Do processing, add endlines, commas here etc.
}
cout << endl;
}