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AUTODOCKソフトウェアのインストールの問題

私はubuntuの新しいユーザーです。私はいつもウィンドウを使用していましたが、端末とコマンドラインについてほとんど知識がありません。 （（私は医学的背景を持つ研究学者です。）しかし、私はこのUbuntuフォーラムをずっとフォローしてきました。そして、それは私を大いに助けてくれました。

現在、AUTODOCKおよびAUTODOCKツール（ADT）のインストールに関連する特定の問題の解決策を探しています。

Ubuntu 15.04を使用しています。また、さまざまなプログラムやアプリケーションをインストールするためにSynapticパッケージマネージャーを使用しています。そして、MGLtools、AUTODOCK、AUTODOCKツールパッケージをインストールしましたが、このマネージャーから他のファイルが正常に作成されました。また、インストール済みパッケージのリストにもこれらが表示されます。

しかし、「ADT」または「Autodock」アプリケーションを起動しようとしても、アイコンが見つかりませんでした（「Avogadro」のアイコンはインストール後に表示されたため）。ターミナル経由でも起動しようとしましたが、そこには「コマンドが見つかりません」と表示されています。

このソフトウェアをインストールするための正しい手順を教えてください。またはソフトウェアのインストールでどこがおかしいのでしょうか。

私のシステムでできるだけ早くこのアプリケーションが本当に必要です。このソフトウェアは、Ubuntuを使い始めた主な理由の1つです。

以下に、コマンドとターミナルからの出力を示します。問題の理解を深めるのに役立つと思います。

akanksha@akanksha-Inspiron-3542:~$ autodock
No command 'autodock' found, did you mean:
 Command 'autodock4' from package 'autodock' (universe)
autodock: command not found
akanksha@akanksha-Inspiron-3542:~$ autodock4
usage: AutoDock     -p parameter_filename
            -l log_filename
            -k (Keep original residue numbers)
            -i (Ignore header-checking)
            -t (Parse the PDBQT file to check torsions, then stop.)
            -d (Increment debug level)
            -C (Print copyright notice)
            --version (Print autodock version)
            --help (Display this message)


akanksha@akanksha-Inspiron-3542:~$ autodock-vina
autodock-vina: command not found
akanksha@akanksha-Inspiron-3542:~$
command-lineicons
1
Akanksha Sharma

インストールは正しかった。ランチャーにアイコンを表示するには、デスクトップファイルと確かに実行可能ファイルが必要です。コマンドラインを使用するには、実行可能ファイルのみが必要です。しかし、大きな問題があります。私の答えの最後を見てください。

  1. パッケージautodock

    • 実行可能ファイル

      /usr/bin/autodock4

    • デスクトップファイル

      なし

  2. パッケージautodocktools

    • 実行可能ファイル

      /usr/bin/autodocktools
/usr/bin/autoligand
/usr/bin/runAdt

    • デスクトップファイル

      なし

  3. パッケージavogadro

    • 実行可能ファイル

      /usr/bin/avogadro
/usr/bin/avopkg

    • デスクトップファイル

      /usr/share/applications/avogadro.desktop

      したがって、ランチャーのAvogadroから起動できます

  4. パッケージautodock-vina

    • 実行可能ファイル

      /usr/bin/vina
/usr/bin/vina_split

    • デスクトップファイル

      なし

それを知っているのはなぜですか？

以下のコマンドを試してください。先頭に%が付いている行がコマンドです。他のすべての行は、コマンドの出力です。

% dpkg -L autodock | grep desktop

% dpkg -L autodock | grep /bin
/usr/bin
/usr/bin/autodock4

% dpkg -L autodocktools | grep desktop

% dpkg -L autodocktools | grep /bin
/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/bin
/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/bin/adt3
/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/bin/adt
/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/bin/runAdt.py
/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/bin/runAdt
/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/bin/adt4
/usr/bin
/usr/bin/runAdt
/usr/bin/autoligand
/usr/bin/autodocktools


% dpkg -L avogadro | grep desktop
/usr/share/applications/avogadro.desktop

% dpkg -L avogadro | grep /bin   
/usr/bin
/usr/bin/avopkg
/usr/bin/avogadro

% dpkg -L autodock-vina | grep desktop

% dpkg -L autodock-vina | grep /bin   
/usr/bin
/usr/bin/vina_split
/usr/bin/vina

問題

/usr/bin/autodocktoolsを使用してターミナル経由でADTを開始すると、次のようなものが表示されます。

Run ADT from  /usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/__init__.py", line 433, in runADT
    title=title, withShell= not interactive, verbose=False, gui=gui)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/Pmv/moleculeViewer.py", line 1026, in __init__
    trapExceptions=trapExceptions)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/ViewerFramework/VF.py", line 387, in __init__
    verbose=verbose)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/ViewerFramework/VFGUI.py", line 444, in __init__
    verbose=verbose,guiMaster=VIEWER_root,)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/DejaVu/Viewer.py", line 586, in __init__
    cnf=cnf, **kw)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/DejaVu/Viewer.py", line 285, in AddCamera
    c = classCamera(master, screenName, self, num, cnf=cnf, **kw)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/DejaVu/Camera.py", line 2189, in __init__
    self.AddTrackball()
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/DejaVu/Camera.py", line 2583, in AddTrackball
    self.trackball = Trackball(self, size, rscale, tscale, sscale, renorm )
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/DejaVu/Trackball.py", line 88, in __init__
    self.createSpinGui()
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/DejaVu/Trackball.py", line 726, in createSpinGui
    callback=self.setWithSpinGui,
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/mglutil/gui/BasicWidgets/Tk/vector3DGUI.py", line 90, in __init__
    self.createEntries(self.frame)
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/mglutil/gui/BasicWidgets/Tk/vector3DGUI.py", line 360, in createEntries
    self.f.grid(column=3, rowspan=3)
  File "/usr/lib/python2.7/lib-tk/Tkinter.py", line 2022, in grid_configure
    + self._options(cnf, kw))
TclError: cannot use geometry manager grid inside .140381967613608.140381967671520.140381951084592.140381951131944 which already has slaves managed by pack
hit enter to continue

これはUbuntu/Debianの既知のバグのようで、現在これを修正する方法がわかりません。

2
A.B.