Wp_linksテーブルの使い方は何だろうか。メニューシステムでカスタム投稿タイプも使用されている場合、リンクはカスタム投稿タイプとして実装できなかったのだろうか。
一言で言えば、YESのようになります。他に何かがカスタム投稿タイプやカスタム分類として実装されている可能性があります。
しかし、WordPressは成長したシステム(現在9歳)であり、ほとんどのものを後方互換性を保つために物事がゆっくりと動いています。
手短に言うと、WP 3.5では、 Links Manager はtracチケットで読むことができるようにプラグインに移動されます。