新しいユーザー用に、ホームのデフォルトのユーザーフォルダーはどのように作成されますか？
新しいユーザーが作成されて初めてログインすると、ホームにこれらのデフォルトのフォルダーが作成されます。それらはどのように作成されますか？
それらを作成するスクリプト/構成を変更して、それらがもう作成されないようにすると、問題が発生しますか？
デフォルトは次を使用して調べることができます。
$ cat /etc/xdg/user-dirs.defaults
# Default settings for user directories
#
# The values are relative pathnames from the home directory and
# will be translated on a per-path-element basis into the users locale
DESKTOP=Desktop
DOWNLOAD=Downloads
TEMPLATES=Templates
PUBLICSHARE=Public
DOCUMENTS=Documents
MUSIC=Music
PICTURES=Pictures
VIDEOS=Videos
# Another alternative is:
#MUSIC=Documents/Music
#PICTURES=Documents/Pictures
#VIDEOS=Documents/Videos
特定のサブディレクトリを作成したくない場合は、その前に#を付けて行をコメント化します。
サブディレクトリは、ユーザーがGUIでログインするまで作成されません。 ターミナル内の既存ユーザーのデフォルトのホームディレクトリを作成
@steeldriverがコメントしたように、答えは/etc/xdg/user-dirs.defaultsを編集して変数がホームディレクトリを指すようにすることです。
これが引き起こす問題についてはわかりません。