バックアップサーバーとして動作するシステムの1つで、mlocate.dbが9GBに達しました。解決策は、バックアップディレクトリを検索から除外することでした。検索する必要がないためです。
これを行うには、/etc/updatedb.confのPRUNEPATHSにバックアップディレクトリを追加しました。
Sudo updatedbを実行すると、1.6MBに削減されました（これらのファイルすべてのインデックス作成にかかる時間を大幅に節約できます）。
マシン上に多数のファイルがある場合は、データベースからいくつかのパスを削除することを検討してください。これは、PRUNEPATHSの下の/etc/updatedb.confで実行できます。ファイルシステムをプルーニングすることもできます（必要に応じて、nfsなど）。
800MBはかなり聞こえます。私の/var/lib/mlocate/mlocate.dbは約8MBのみです（10.04リリース日のフレッシュインストール）。安全に削除できます。Sudo updatedbを実行すると、再作成されます。