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Dockerizing Flask Webアプリの後、定期的に「クエリ中にMySQLサーバーへの接続が失われます」

私はFlaskを使用しており、以下を使用してスタンドアロンサーバーで実行されていました：

  • Flask/SQLAlchemy
  • MariaDB
  • uwsgi
  • nginx

スタンドアロンサーバーでは、このアプリケーションは問題なく動作しました。

それ以来、私はこのアプリケーションを2つのコンテナに「ドッキング」しました。

私がドッキングするたびに時々このエラーが発生します（トレースバック全体が最後に投稿されます）：

Lost connection to MySQL server during query

MariaDBログには、詳細なロギングで次のエラーが表示されます。

2020-05-10 18:35:32 130 [Warning] Aborted connection 130 to db: 'flspection2' user: 'fl-server' Host: '172.19.0.1' (Got an error reading communication packets)
2020-05-10 18:45:34 128 [Warning] Aborted connection 128 to db: 'flspection2' user: 'fl-server' Host: '172.19.0.1' (Got timeout reading communication packets)

これは、ユーザーが502 Bad Gatewayとして体験します。ユーザーがページを更新すると、問題が解決することがよくあります。この問題はランダムに発生します。思い通りに再現することはできませんでしたが、やがて表示されるようになります。

これの原因と解決方法は？

私がやったこと：

  • MariaDBコンテナーのタイムアウトが28800であることを確認しました。すべてのコンテナーを再起動してから28800秒よりはるかに早くエラーが発生するのを確認したので、実際にはタイムアウトの問題ではないと思います。
  • pool_recycleオプションを120に設定します
  • Flask-SQLAlchemyがscoped_sessionを使用していることを確認しました。これらのタイムアウトの問題を回避する必要があります。
  • コメントごとにnetwork_modeをデフォルトに変更しました。これは問題を解決しませんでした。

私の考えは、flaskとデータベースの間の接続のように機能し、同じホスト上で実行されるDockerコンテナーとして、それは非常に信頼できるはずではないでしょうか？

関連コード：

database.py

from flask_sqlalchemy import SQLAlchemy

db = SQLAlchemy()

config.py

class Config:
    ...
    SQLALCHEMY_DATABASE_URI = 'mysql+pymysql://username:[email protected]/database?charset=utf8mb4'
    SQLALCHEMY_TRACK_MODIFICATIONS = False
    SQLALCHEMY_ENGINE_OPTIONS = {
        'pool_recycle': 120
    }
    ...

docker-compose.yml

version: "3.7"
services:
  db:
    restart: "always"
    build: ./docker/db
    volumes:
      - "~/db:/var/lib/mysql"
    environment:
      MYSQL_ROOT_PASSWORD: "password"
      MYSQL_DATABASE: "database"
      MYSQL_USER: "user"
      MYSQL_PASSWORD: "password"
    ports:
      - '3306:3306'
  nginx-uwsgi-flask:
    restart: "always"
    depends_on:
      - "db"
    build:
      context: .
      dockerfile: ./docker/nginx-uwsgi-flask/Dockerfile
    volumes:
      - "~/data/fileshare:/fileshare"
    ports:
      - "80:80"
      - "443:443"
    network_mode: "Host"

traceback

Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/sqlalchemy/engine/base.py", line 1193, in _execute_context
    context)
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/sqlalchemy/engine/default.py", line 509, in do_execute
    cursor.execute(statement, parameters)
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/pymysql/cursors.py", line 170, in execute
    result = self._query(query)
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/pymysql/cursors.py", line 328, in _query
    conn.query(q)
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/pymysql/connections.py", line 517, in query
    self._affected_rows = self._read_query_result(unbuffered=unbuffered)
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/pymysql/connections.py", line 732, in _read_query_result
    result.read()
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/pymysql/connections.py", line 1075, in read
    first_packet = self.connection._read_packet()
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/pymysql/connections.py", line 657, in _read_packet
    packet_header = self._read_bytes(4)
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/pymysql/connections.py", line 707, in _read_bytes
    CR.CR_SERVER_LOST, "Lost connection to MySQL server during query")
pymysql.err.OperationalError: (2013, 'Lost connection to MySQL server during query')

The above exception was the direct cause of the following exception:

Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/flask/app.py", line 2292, in wsgi_app
    response = self.full_dispatch_request()
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/flask/app.py", line 1815, in full_dispatch_request
    rv = self.handle_user_exception(e)
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/flask/app.py", line 1718, in handle_user_exception
    reraise(exc_type, exc_value, tb)
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/flask/_compat.py", line 35, in reraise
    raise value
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/flask/app.py", line 1813, in full_dispatch_request
    rv = self.dispatch_request()
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/flask/app.py", line 1799, in dispatch_request
    return self.view_functions[rule.endpoint](**req.view_args)
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/flask_user/decorators.py", line 132, in decorator
    allowed = _is_logged_in_with_confirmed_email(user_manager)
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/flask_user/decorators.py", line 17, in _is_logged_in_with_confirmed_email
    if user_manager.call_or_get(current_user.is_authenticated):
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/werkzeug/local.py", line 347, in __getattr__
    return getattr(self._get_current_object(), name)
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/werkzeug/local.py", line 306, in _get_current_object
    return self.__local()
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/flask_login/utils.py", line 26, in <lambda>
    current_user = LocalProxy(lambda: _get_user())
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/flask_login/utils.py", line 335, in _get_user
    current_app.login_manager._load_user()
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/flask_login/login_manager.py", line 359, in _load_user
    return self.reload_user()
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/flask_login/login_manager.py", line 321, in reload_user
    user = self.user_callback(user_id)
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/flask_user/user_manager.py", line 130, in load_user_by_user_token
    user = self.db_manager.UserClass.get_user_by_token(user_token)
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/flask_user/user_mixin.py", line 51, in get_user_by_token
    user = user_manager.db_manager.get_user_by_id(user_id)
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/flask_user/db_manager.py", line 179, in get_user_by_id
    return self.db_adapter.get_object(self.UserClass, id=id)
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/flask_user/db_adapters/sql_db_adapter.py", line 48, in get_object
    return ObjectClass.query.get(id)
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/sqlalchemy/orm/query.py", line 924, in get
    ident, loading.load_on_pk_identity)
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/sqlalchemy/orm/query.py", line 1007, in _get_impl
    return db_load_fn(self, primary_key_identity)
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/sqlalchemy/orm/loading.py", line 250, in load_on_pk_identity
    return q.one()
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/sqlalchemy/orm/query.py", line 2954, in one
    ret = self.one_or_none()
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/sqlalchemy/orm/query.py", line 2924, in one_or_none
    ret = list(self)
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/sqlalchemy/orm/query.py", line 2995, in __iter__
    return self._execute_and_instances(context)
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/sqlalchemy/orm/query.py", line 3018, in _execute_and_instances
    result = conn.execute(querycontext.statement, self._params)
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/sqlalchemy/engine/base.py", line 948, in execute
    return meth(self, multiparams, params)
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/sqlalchemy/sql/elements.py", line 269, in _execute_on_connection
    return connection._execute_clauseelement(self, multiparams, params)
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/sqlalchemy/engine/base.py", line 1060, in _execute_clauseelement
    compiled_sql, distilled_params
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/sqlalchemy/engine/base.py", line 1200, in _execute_context
    context)
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/sqlalchemy/engine/base.py", line 1413, in _handle_dbapi_exception
    exc_info
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/sqlalchemy/util/compat.py", line 265, in raise_from_cause
    reraise(type(exception), exception, tb=exc_tb, cause=cause)
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/sqlalchemy/util/compat.py", line 248, in reraise
    raise value.with_traceback(tb)
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/sqlalchemy/engine/base.py", line 1193, in _execute_context
    context)
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/sqlalchemy/engine/default.py", line 509, in do_execute
    cursor.execute(statement, parameters)
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/pymysql/cursors.py", line 170, in execute
    result = self._query(query)
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/pymysql/cursors.py", line 328, in _query
    conn.query(q)
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/pymysql/connections.py", line 517, in query
    self._affected_rows = self._read_query_result(unbuffered=unbuffered)
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/pymysql/connections.py", line 732, in _read_query_result
    result.read()
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/pymysql/connections.py", line 1075, in read
    first_packet = self.connection._read_packet()
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/pymysql/connections.py", line 657, in _read_packet
    packet_header = self._read_bytes(4)
  File "/usr/local/lib/python3.6/site-packages/pymysql/connections.py", line 707, in _read_bytes
    CR.CR_SERVER_LOST, "Lost connection to MySQL server during query")
sqlalchemy.exc.OperationalError: (pymysql.err.OperationalError) (2013, 'Lost connection to MySQL server during query') [SQL: 'SELECT user.is_active AS user_is_active, user.id AS user_id, user.username AS user_username, user.password AS user_password, user.reset_password_token AS user_reset_password_token, user.email AS user_email, user.email_confirmed_at AS user_email_confirmed_at, user.first_name AS user_first_name, user.last_name AS user_last_name \nFROM user \nWHERE user.id = %(param_1)s'] [parameters: {'param_1': 13}] (Background on this error at: http://sqlalche.me/e/e3q8)
dockerflaskdocker-composemariadbflask-sqlalchemy
6
noslenkwah

mariadbコンテナからmysqlに移行することでこの問題を解決しました。根本的な原因はまだわかりません。

1
noslenkwah

使用しているバージョンはわかりませんが、「SQLALCHEMY_POOL_SIZE」と「SQLALCHEMY_POOL_RECYCLE」を設定しようとしました

0
GeeketteTN

次のことを試して、プールに古い接続があることを除外します。

https://docs.sqlalchemy.org/en/13/core/pooling.html#pool-disconnects から

このアプローチは、接続のチェックアウトプロセスにわずかなオーバーヘッドを追加しますが、そうでなければ、プールされた古い接続によるデータベースエラーを完全に排除するための最も単純で信頼性の高いアプローチです。呼び出し側のアプリケーションは、プールからチェックアウトされた古い接続から回復できるように、操作を整理することを考慮する必要はありません。

チェックアウト時の接続の悲観的なテストは、create_engine（）からcreate_engine.pool_pre_ping引数を介して利用可能なPool.pre_ping引数を使用することで実現できます。

engine = create_engine("mysql+pymysql://user:pw@Host/db", pool_pre_ping=True)
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Arigion

マルチスレッドを使用しているため、同様の問題に直面しましたDjango app。スレッドがデータベース接続にアクセスしようとしたときに、失われました。Djangoバグがあります。- https://code.djangoproject.com/ticket/21597

この回避策で解決できます。

from Django.db import connection

def is_connection_usable():
    try:
        connection.connection.ping()
    except:
        return False
    else:
        return True

def do_work():
    while(True): # Endless loop that keeps the worker going (simplified)
        if not is_connection_usable():
            connection.close()
        try:
            do_a_bit_of_work()
        except:
            logger.exception("Something bad happened, trying again")

————————————————
版权声明：本文为CSDN博主「orangleliu」的原创文章，遵循CC 4.0 BY-SA版权协议，转载请附上原文出处链接及本声明。
原文链接：https://blog.csdn.net/lzz957748332/Java/article/details/41480417

最初にデータベース接続を確認します。接続が失われた場合は接続が閉じられます。もう一度接続を試みると接続されます。

Bkz https://blog.csdn.net/lzz957748332/article/details/41480417

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Aziz F Dagli