doxygenはHTML出力用のテンプレートをサポートしていますか？
doxygenのコードをドキュメント化しましたが、デフォルトのHTMLが必要ではありません。カスタムのCSS、ヘッダー、フッターなどを提供することで（GNOMEのように）カスタマイズできること、そして一般的なPHPコードをファイルに追加して.phpとして保存するように指示する方法、しかしそれは私が本当に望んでいることではありません。
私が欲しいのはMSDNのような出力です。私はそれを本当に説明することはできません。私の質問は、これはテンプレートのようなものでdoxygenを使用して可能ですか、それともXMLを出力して別のプログラムで解析する必要がありますか（私は書いても構いません）？
Doxygenは、私の知る限り、HTMLテンプレートのようなものをそのままではサポートしていません。以下の画像を参照できます（ 公式doxygenホームページ から）。ドキュメント作成ワークフロー全体に関連する入力ファイルと出力ファイルが表示されます。
ご覧のとおり、doxygenはいわゆる「レイアウトファイル」を読み取ります。このファイル カスタマイズ可能 ！ただし、どういうわけかページ構造に制限されているため、doxygenが作成します。
さらに柔軟性が必要な場合は、 XSLTからXML出力に変換する をお勧めします。これを行う方法を示す sample もあります。