非表示のファイルまたはディレクトリはドットで始まります（例：.bash_history、.cache/）。そのパターンは.*であるため、--exclude '.*'オプションを使用して、非表示のファイルとディレクトリを除外できます。このオプションは、他の--includeパターンの前に配置する必要があります。理由は次のとおりです。
最初に一致するファイル選択条件でファイルの除外が指定されている場合、特定のファイルはファイル選択システムによって除外されます。それ以外の場合、ファイルは含まれます。
（from man duplicity ）
DuplicityのGUI（「バックアップ」/ deja-dup）で、除外ファイルにドットファイルをリストしたい場合、GUIでそれらを選択するのが難しい場合があります。
- [フォルダ]タブの下のプラス（[+]）アイコンと希望するカテゴリ（たとえば、[無視するフォルダ]カテゴリ）をクリックします。これにより、ファイルブラウザが表示されます。
- ドットファイル（つまり、「隠しファイル」）を選択する場合は、このファイルブラウザーの空のスペースで右クリックし、「隠しファイルを表示」を選択します。
- これで、CtrlキーまたはShiftキーを押しながらクリックして、ドットファイルの一部または多数、またはすべてを明示的に選択できます。
これは質問に答えませんが、他の答えはコマンドラインの非解決策に言及しています。これはGUIの非解決策です。