同じ量ではありませんが、同じ問題が発生しました。
現在、Evernoteナレッジベースでは、重複を自動的に見つけて削除することはできないとされています。彼らの提案は次のとおりです。
...次の手順に従って、重複するメモの多くを手動で削除します。
- WindowsまたはOSX上のEvernoteクライアントアプリケーションで、ビューをリストビューに変更します。
- [すべてのメモ]をクリックします。
- ノートリストの上にある[タイトル]見出しをクリックして、ノートをタイトルのアルファベット順に並べ替えます。
ここから、メモのタイトルを確認し、重複するメモを比較的簡単に識別して削除できます。
取得元 https://evernote.com/contact/support/kb/#!/article/23193597 （2014年12月）
これは私がしたことですが、重複が多数ある場合、これは優れたオプションではないと想像できます。 （比較的簡単は主観的なフレーズです。）