ほとんどのLinuxファイルシステムでは、*で始まる断片化が回避されるため、通常の環境ではUbuntuをデフラグする必要はありません。
*これは、ファイルがディスクに書き込まれる方法で実現されます。ほとんどのファイルは、断片化を回避するためにiノードを配置し、それが発生したときに最小限に保つために、連続したままの方法で書き込まれます。ファイルが大幅に変更されたり、移動されたりする場合でも、ファイルシステムは断片化を避けるために同じ原則を使用します。
こちらをご覧ください: https://secure.wikimedia.org/wikipedia/en/wiki/File_system_fragmentation#Preventing_fragmentation