GNOMEシェルのクールなウィンドウは、PolicyKitを使用するアプリケーションに対してのみ表示されます。たとえば、Synapticでこのウィンドウをトリガーするには、ターミナルでこれを実行します。
pkexec synaptic
すべてのアプリケーションにpkexecを使用することはできませんが、/usr/share/polkit-1/actions/の下にpkexecポリシーファイルがあるアプリケーションにのみ使用できます。
これには、gksu-polkitコマンドを使用できます。主にgksudoと同じように動作しますが、policykitフレームワークを利用します。使用するには、パッケージ「gksu-polkit」をインストールします。