GnuPG 1とGnuPG 2は互換性がありますか？
Macportsでは、gnupgと新しいgnupg2のポートがあることに気付きました。ファイルの暗号化にGnuPGを使いたいのですが。両方をインストールする必要がありますか、または1つだけで十分ですか？両方をインストールした場合、両方とも互換性がありますか？どちらを最初にインストールしても問題ありませんか。
GnuPG 1
GnuPG 1.4（ "classic"）では、依存関係が少なくなり、バイナリも小さくなるため、組み込みおよびサーバーでの使用に適しています。以前はgpgとしてインストールされていましたが、現在はgpg1という名前が付けられています（ディストリビューションによって異なります）。
GnuPG 1.4のmanページから：
これは
gpgのスタンドアロン版です。デスクトップで使用する場合は、GnuPG-2パッケージのgpg2を使用することを検討してください（プラットフォームによっては、gpg2はgpgという名前でインストールされます）。
GnuPG 2
GnuPG 2.0はGnuPGの再設計されたバージョンです - しかし、変更はほとんど内部レベルにあります。新しいバージョンは複数のモジュールに分割されています、例えばX.509（S/MIMEによって使用される）のためのモジュールもあります。
man gpg2から：
サーバーや組み込みプラットフォームにより適しているスタンドアロンバージョンgpgとは対照的に、このバージョンは一般に
gpg2という名前でインストールされ、デスクトップを対象としているため、他のモジュールをいくつかインストールする必要があります。
GnuPG 2.1
GnuPG 2.1では重要な変更が行われました。これは、以前は分離されていた公開鍵と秘密鍵の鍵リング（pubring.gpgとsecring.gpg）を公開鍵リングに統合したものです。これは物事の互換性を保つ方法で実装されているので、GnuPG 2.1が秘密鍵リングを統合した場合でもGnuPG 1を使用できますが、秘密鍵への変更はそれぞれの他の実装には現れません。 変更履歴から ：
[...] GnuPG 2.1と古いGnuPGバージョンの共存を許可します。ただし、新しいgpgを使用して秘密鍵を変更しても、2.1より前のバージョンのGnuPGを使用している場合は表示されず、その逆も同様です。
あなたの質問に直接答えるには：
両方をインストールする必要がありますか、または1つだけで十分ですか？どちらを最初にインストールしても問題ありませんか。
両方をインストールするだけです。とにかく邪魔にならない。それにアクセスする他のアプリケーション（パッケージマネージャ、メールクライアントなど）にはgpgをインストールし、コマンドラインで "直接使用する"にはgpg2をインストールします。
両方をインストールした場合、両方とも互換性がありますか？
どちらもOpenPGPプロトコルを実装しているので、それらの間で共有されるデータに関して互いに互換性があります。さらに、それらは（ほとんど）同じコマンドとオプションを使用しているので、ほとんどの場合、それらを任意に切り替えることができます。
GnuPG 2.1では、プライベートキーリングへの変更がGnuPG 2.1以前の実装には見えなくなりました（上記のGnuPG 2.1のセクションを参照）。