キューシステムでスタックしたジョブを除外することができます。
> qjobs | grep "racon"
5240703 racon-3/utg001564l-racon-3.fasta H 1 1 0 10.0 0.0 150 :03
5241418 racon-3/utg002276l-racon-3.fasta H 1 1 0 10.0 0.0 150 :02
5241902 racon-3/utg002759l-racon-3.fasta H 1 1 0 10.0 0.0 150 :03
5242060 racon-3/utg002919l-racon-3.fasta H 1 1 0 10.0 0.0 150 :04
5242273 racon-3/utg003133l-racon-3.fasta H 1 1 0 10.0 0.0 150 :03
5242412 racon-3/utg003270l-racon-3.fasta H 1 1 0 10.0 0.0 150 :04
5242466 racon-3/utg003325l-racon-3.fasta H 1 1 0 10.0 0.0 150 :03
しかしながら、 qjobs | grep "racon" | cut -d " " -f2
は返されませんでした。 racon-3/utg003325l-racon-3.fasta
。私は何を取りこぼしたか?
すべてのスペースは、先頭の連続したフィールドであっても、フィールド番号にカウントされます。したがって、-f9
の代わりに-f2
を使用する必要があります。または、cutコマンド全体の代わりにawk '{ print $2 }'
を使用できます。
出力の間隔が一貫している場合
qjobs | grep "racon" | cut -c 16-47
次のような出力を生成します
racon-3/utg002276l-racon-3.fasta
PIDまたはその他の識別子のように見える最初の列が必要な場合は、次のようにします。
qjobs | grep "racon" | awk ' { print $1 } '
ユーザー名のようなtg002276l部分を探している場合:
qjobs | grep "racon" | awk -F'[/-]' ' { print $3 } '
これにより、awkはスラッシュとダッシュ文字をフィールド区切り文字として使用し、3番目の列を出力します。