IIS6には、このチェックボックスがあります。 IIS7にはありません。アプリプールがアイドル時間に達すると、停止します。アプリを再度使用すると、再起動は自動的に行われますが、起動には1〜4秒かかります。これは望ましくありませんし、必要でもありません。
どうやらタイムアウトを0に設定すると無効になります: http://forums.iis.net/t/1148433.aspx