JavaScriptウィンドウオブジェクトは、Webブラウザウィンドウに対応する最高レベルのJavaScriptオブジェクトです。
ドキュメントオブジェクトは、HTMLドキュメントのHTMLタグ内に関連付けられているすべてのHTML HEADおよびBODYオブジェクトのコンテナです。これは、最上位のウィンドウまたはウィンドウ内のiframeに対応する可能性があります。
更新
簡単なテストの後、実際には2つの間に違いはありません。ただし、他の人が言ったように、IE8でテストした場合、window.onclickは機能しませんでした。つまり、最終的にはdocument.onclickをお勧めします。
IEがwindow.onclickをサポートしていないバージョンがあると聞きました。
少しでも違いがあれば、私は何も知りません。結局、documentはwindowを参照していると思います。
W3cはドキュメントを次のように説明しています。「ドキュメントインターフェースはHTMLまたはXMLドキュメント全体を表します。概念的には、ドキュメントツリーのルートであり、ドキュメントのデータへの主要なアクセスを提供します。」 （ http://www.w3.org/TR/DOM-Level-2-Core/core.html#i-Document ）
およびwindow as： "... Webスクリプト言語のグローバル名前空間を提供するWindowオブジェクトを定義し、参照による複合ドキュメント内の他のドキュメントへのアクセス、他の場所へのナビゲーション、およびタイマー。Windowオブジェクトは長年使用されていますHTMLユーザーエージェントの事実上の標準です。ただし、これまたは「ウィンドウ」という名前に基づいて、HTMLまたはビジュアルユーザーエージェントに限定されるとは想定されていません。 （ http://www.w3.org/TR/Window/ ）
質問に答えるために、ブラウザによっては問題がないかもしれません。ただし、ブラウザベンダーによっては、実装方法が異なる場合があります。