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特定の値以上の列値を持つすべての行を取得します

タブ区切りファイルの列番号6から0.01以上の値を抽出する必要があります（私のファイルには6列以上が含まれています）。私は次のコードで試しました

for i in $(find ./ `pwd` -name "BC_4_*_*shift.txt" ); do
    awk -F"\t" 'NR==1 || $6>=0.01' $i > $i"_"ctdna_freq.txt;
done

このコードを書くために私は助けを借りました しきい値より大きい列値を持つすべての行を取得します 、このコードを使用して、0.01より大きい6番目の列から値を抽出できますが、できません0.01に等しい値を抽出します。以下は入力ファイルです。

chr     pos         ref var p.val       freq.var
chr19   9074573     A   C   6.73E-22    0.586593469
chr19   9091288     G   T   5.96E-188   0.508732726
chr8    124518636   C   T   9.55E-21    0.00005
chr12   56490398    G   T   0.005271732 0.010003218
chr12   56477619    G   A   1.40E-15    0.010001069
chr12   56477619    G   A   1.40E-15    0.010001069
chr3    52677261    C   T   5.13E-06    0.01
chr5    67591010    A   G   4.82E-23    0.01

期待される出力

chr     pos         ref var p.val       freq.var
chr19   9074573     A   C   6.73E-22    0.586593469
chr19   9091288     G   T   5.96E-188   0.508732726
chr12   56490398    G   T   0.005271732 0.010003218
chr12   56477619    G   A   1.40E-15    0.010001069
chr12   56477619    G   A   1.40E-15    0.010001069
chr3    52677261    C   T   5.13E-06    0.01
chr5    67591010    A   G   4.82E-23    0.01
linuxawksed
2
user6681622
#!/usr/bin/env bash
while IFS= read -r i; do
    awk -F'\t' 'NR==1 || $6>=0.01' "$i" > "${i}_ctdna_freq.txt"
done < <(find . -name 'BC_4_*_*shift.txt')

または：

#!/usr/bin/env bash
find . -name 'BC_4_*_*shift.txt' |
xargs -n 1 -I {} awk -F'\t' 'NR==1 || $6>=0.01' "{}" > "{}_ctdna_freq.txt"

しないでくださいfor i in ...、 https://mywiki.wooledge.org/BashFAQ/001 を参照してください。常に変数を引用してください。 https://mywiki.wooledge.org/Quotes を参照してください。 =。基本に慣れるまで、すべてのシェルスクリプトを http://shellcheck.net で実行します。

2
Ed Morton

私はあなたのデータをdata1.txtとして知られているファイルに入れました

同様に、私は手動で変更を加え、多くのファイルを作成しました。

このコードは、必要なことをすべて実行します。ただし、1つのファイルに出力されます。

find . -name "data*.txt" -type f -exec awk 'NR==1 || $6>=0.01' {} + >>output.txt
0
Praveen Kumar-M

コマンド

awk '$6 >= 0.01' file.txt

出力

chr     pos         ref var p.val       freq.var
chr19   9074573     A   C   6.73E-22    0.586593469
chr19   9091288     G   T   5.96E-188   0.508732726
chr12   56490398    G   T   0.005271732 0.010003218
chr12   56477619    G   A   1.40E-15    0.010001069
chr12   56477619    G   A   1.40E-15    0.010001069
chr3    52677261    C   T   5.13E-06    0.01
chr5    67591010    A   G   4.82E-23    0.01

Python

#!/usr/bin/python

k=open('file.txt','r')
k.readline()
print ("chr     pos         ref var p.val       freq.var")
for i in k:
    q=i.split(' ')[-1]
    if (float(q) >= 0.01):
        print (i.strip())



output

chr     pos         ref var p.val       freq.var
chr19   9074573     A   C   6.73E-22    0.586593469
chr19   9091288     G   T   5.96E-188   0.508732726
chr12   56490398    G   T   0.005271732 0.010003218
chr12   56477619    G   A   1.40E-15    0.010001069
chr12   56477619    G   A   1.40E-15    0.010001069
chr3    52677261    C   T   5.13E-06    0.01
chr5    67591010    A   G   4.82E-23    0.01
0
Praveen Kumar BS