Linuxでリモートデスクトップサーバーをセットアップする最も効率的な方法は何ですか？
Windowsユーザーは、デスクトップアプリケーション（最も重要なのはWin32アプリケーションです。リモートでWINEを使用）。
どちらの方向に掘ったほうがいいですか？良いHOWTOをお勧めできますか？
最もクリーンな（最も簡単ではありませんが）方法は、Cygwin/Xをローカルで実行し、X転送を有効にしてSSH経由でアプリを起動することです。アプリの呼び出しは、バッチファイルまたはショートカットを介して行うことができます。
Linuxターミナルサーバープロジェクト をチェックしてください。私はそれを使った経験はありませんが、それは有望に聞こえます。
私は、おそらく間違って、ユーザーがWindowsボックスから座っていて、いくつかのLinuxGUIアプリケーションにアクセスする必要があると想定しています。
VNCは非常にうまく機能します。最近のほとんどのLinuxディストリビューションには、サーバー側のvncx-serverが含まれています。互換性のあるWindowsvncクライアントを入手すれば、うまくいくはずです。追加のセキュリティが必要な場合は、SSL対応のvncスタックが増え始めていることを確認してください。
CygwinのようなWindows側のxserverを取得することもできますが、より複雑で、Windowsユーザーに説明するのがはるかに困難になります。ユーザーがすでにLinuxに精通している場合、これは悪くはありません。そうでない場合は、vncを使用してください。