Sudoはコマンドラインでパスワードを要求し、gksudoはそのためのダイアログボックスをポップアップします。
gksudoはGTKベースのSudo（BTW、kdesudoはQtベースのフロントエンド）のフロントエンドですが、（デフォルトで）より多くの環境変数を扱います（HOME、XAUTHORITYなど）をSudoよりも実行することで、実行中のコマンドをrootとして安全にします。
私が見る限り、@ Logicsの答えだけで十分です（@Ignacio Vazquez-Abramsの答えは完全ではありません）。 @Davros @knitti answer/commentsへの試行錯誤の説明を以下に示します（不要な場合は、削除/編集してください）。
- どちらのコマンドも確かに
Sudoを表していますが、2つのコマンドの違いは使用されているUIだけではありません。 - GUIプログラムの実行は、gk/kdesudoを使用する必要がある唯一の状況ではなく、コマンドがホームディレクトリ（
HOMEにファイルを作成/書き込みするかどうかを判断できない場合は常にgk/kdesudoを使用する必要があります環境変数は、一部のシステムおよび状況ではSudoコマンドでポイントします）。 すべてのGUIアプリがホームディレクトリに書き込むわけではなく、すべてのCLIアプリがそうするわけではありませんなので、コマンドのタイプは重要ではありません。 - あなたはstill can
Sudoコマンドを使用して、ルートとしてGUIアプリを起動します（アプリのコンソール出力を例）ただし、HOME（およびXAUTHORITY、DISPLAY、input-method-related-stuffなどのその他）環境変数を正しく処理して、起動したアプリが失敗したり、機能を失ったり、本当に悪いことをしたりすることはありません。以下は、Sudoを使用するための現在の推奨事項です。- _
Sudo -H <rest of the command>_- （
Sudoセクション8のマニュアルページから）-H ( HOME )オプションは、セキュリティポリシーがHOME環境変数をターゲットユーザーのホームディレクトリ（デフォルトではroot）に設定することを要求しますパスワードデータベースで指定されているとおり。ポリシーによっては、これがデフォルトの動作になる場合があります。 - これにより、少なくとも
Sudoの呼び出し元のホームディレクトリにファイルが作成されなくなります。
- （
- _
Sudo -H DISPLAY=<a working X display name, usually :0> <rest of a GUI program command>_- これにより、TTY端末で<GUIプログラム>が実行され、デスクトップ環境に表示されます。
- _
Sudoコマンドの動作すべてのシステムで同一ではありませんであり、visudoコマンドで構成できます。sudoers(5)のマンページを確認してください。より詳しい情報。
通常のSudoを使用してグラフィカルプログラムを実行すると、まれに一部のファイルの権限が台無しになります。安全のために、GUIでプログラムを実行するにはgksudo（または必要に応じてkdesudo）を使用する必要があります。これは本当にバグだと思いますが、gksudoがXサーバー変数を理解し、Sudoが問題を引き起こす可能性はないという説明を聞きました。ちょうどヒントとして;ルートとしてグラフィカルプログラムを実行している場合は、実行するプログラムごとに1つのターミナルを開くのではなく、ALT-F2（Altとファンクションキー2を同時に）を入力し、ポップアップするダイアログボックスに「gksudo」と入力します。プログラム」は、引用符とプログラムを実行したいアプリケーションで置き換えないでください。
Sudoは、昇格された特権を持つ現在のユーザーとして実行されます。これにより、グラフィカルアプリの実行時に、特定のユーザー構成ファイル（グラフィカル環境に関連する）のファイル権限が変更される可能性があります。 Sudoなしでこれらのアプリを再度実行すると、エラーが発生する場合があります。
gksudo（KDEではkdesudo）はrootユーザーとしてアプリを実行するため、変更されたファイル権限はユーザーのファイルではなく、ルートのファイルに対して行われます。 gksudo/kdesudoなしでこれらのアプリを再度実行すると、常に期待どおりの動作が得られます。
現在の答えは正しくありません。 buntu RootSudo wiki によると：
「通常のSudoを使用して、グラフィカルアプリケーションをrootとして起動しないでください。そのようなプログラムを実行するには、gksudo（Kubuntuではkdesudo）を使用する必要があります。gksudoはHOME =〜rootを設定し、.Xauthorityをtmpディレクトリにコピーします。これにより、ホーム内のファイルが防止されますルートが所有するディレクトリになります（AFAICT、これは、gksudoとSudoで開始されたプロセスの環境について特別なことです）。