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Unixのrenameコマンドでファイルの名前を一括で変更するにはどうすればよいですか？

名前が次のようなファイルがあります。

Sim1-2_40.36.chr20_sb.foo.indel.novoalign.sam
Sim1-2_40.36.chr20_sb.foo.indel.bwa.sam

私がやりたいのは、名前のすべてのindelをsnpに置き換えることです。

Sim1-2_40.36.chr20_sb.foo.snp.novoalign.sam
Sim1-2_40.36.chr20_sb.foo.snp.bwa.sam

しかし、なぜこのunixコマンドが機能しないのですか？

$ rename 's/indel/snp/' *.sam
linuxunixperlrename
6
neversaint

間違った名前変更プログラムを使用しているためです。 これは正しいものです。

5
tchrist

「通常の」renameユーティリティ（util-linuxの一部）は、3つ以上の引数を取ります（TFMで説明されています）。

rename FROM TO filespec...

したがって、あなたは（おそらく）探しています：

rename .indel. .snp. *.sam

renameの別の実装を使用している可能性があるため、最初にスクラッチディレクトリでこれをテストします。

または、manページを確認してください。 咳

4
Simon
ls -1 | while read item
do
  mv $item $(echo $item|sed -e s/.indel./.snp./g);
done
2
user280476

renameはsedスタイルの置換を行いません。この非常に短いPerlスクリプトを使用すると、regmv *.sam s/indel/snp/：

#!/usr/bin/Perl -w
#
# regmv - Rename files using a regular expression
#
# This program renames files by using a regular expression to
# determine their new name.
#
# Usage: regmv file [file ...] regexp
#
# $Id: regmv,v 1.1 1998/10/14 17:07:55 blrfl Exp $
#

sub at_clean()
{
    my $message = $@;
    $message =~ s|\s+at /.*$||s;
    return $message;
}

(@ARGV > 1)
    || die "Usage: regmv [options] file [file ...] regexp\n";

my $expr = pop @ARGV;

$_ = 'SomeValue';
eval "\$_ =~ $expr";
die "Yuck: " . at_clean() if $@;

foreach (@ARGV)
{
    my $old = $_;

    eval "\$_ =~ $expr";

    next if $_ eq $old;

    (rename $old, $_)
        || die "Rename failed: $!\n";
}
0
Blrfl