ウィンドウの左上隅にある黄色のボタンで、ドックに余分なウィンドウアイコンを残さずに、ウィンドウを非表示にしたいと思います。
まず、ただの注意点、 ⌘H アクティブなアプリケーションを非表示にします。
最小化するときにアプリケーションがドックに余分なアイコンを追加しないようにしたいということなので、これは解決策です。
System Preferences -> Dock
にアクセスし、[ウィンドウをアプリケーションアイコンに最小化する]というラベルの付いたボックスをオンにします。このオプションをチェックすると、アプリケーションが最小化されたときにドックアイコンが少なくなるという明らかな結果が得られます。