-Rフラグはchflagsに対して何をしますか？
-Rフラグがchflagsに対して何をするのか正確にはわかりません。誰かが私を助けてくれるのではないかと思っていました。
マニュアルページには次のように書かれています。
再帰：ファイル自体だけでなく、ファイルをルートとするファイル階層のファイルフラグを変更します。
それが何を意味するのかわかりません。誰かがchflags -R hiddenとchflags hiddenの違いを教えてもらえますか？
参考のためにここにオンラインのmanページがあります： http://ss64.com/osx/chflags.html
再帰フラグは、含まれるすべてのファイルとディレクトリに同じことを適用するためにディレクトリに使用されます（再帰的に再度）。ディレクトリに対して-Rオプションを指定せずにコマンドを実行することもできますが、これはディレクトリ自体にのみ影響します。
次のようなディレクトリ構造がある場合：
mainDir
|_file1
|_file2
|_dir1
|_dir1_file1
|_dir1_file2
-Rオプションを指定してchflagsを実行し、下位レベルのファイル（dir1_file1）を含むすべてのファイルフラグを変更する必要があります。