VS Codeが既存の開いているファイルを誰かに指摘したり、それ以外の場合は(VS Codeとファイルの)新しいインスタンスを作成したりします。
デフォルトでは、VSCodeは目的のファイルで新しいエディターを開きます。代わりに、すでに開いているエディターを表示したい場合は、ユーザー設定(OSXではCMD + k)でworkbench.editor.revealIfOpenをtrueに設定します。
具体的には、次の行を追加します。
"workbench.editor.revealIfOpen": true,