個別の設定アプリケーションの利点
これの最も良い例はiOSプラットフォームです（Mac OS XとWindowsでもある程度見ることができます）。
Appleアプリが設定アプリで設定を許可することさえも（奨励する）のはなぜですか？ある場所ですべての設定を行うロジックをある程度見ることができますが、実際にはアプリを終了せずに設定を変更できるようにしたいアプリケーションを使用しています（一部のアプリはこの方法で設定を処理します）。
統合された設定メソッドを使用するための確立されたUIパターンはありますか？
IPhoneの場合、Settings.appにすべての設定があることの利点は明らかです。ユーザーは設定を見つける場所を正確に知っています。
また、大きな欠点もあります。つまり、実際にはほとんどこれを実行するアプリはほとんどありません。
1つ目は、設定に含めることができる内容によって少し制限があり、カスタムデータの検証などを行うことが困難/不可能であることです。
2つ目は、あなたが言及したように、アプリにアクセスするにはアプリを終了する必要があるということです。これは、スマートフォンでアプリをすばやく切り替えることができなかったときのはるかに大きな問題でしたが、それでもまだ少し苦痛であり、慣性により、ごく少数のアプリで使用されています。
これは、Preferences.appパネルをインラインで起動するボタンをアプリに許可することで軽減できる可能性があると思います。そうすることで、両方の長所が生まれます。アプリの設定を簡単に変更できますが、1つの統合された設定アプリからアクセスすることもできます。もちろん、これには1つの機能にアクセスする場所が2つあるという欠点があります。
OS Xのシステム設定にアプリを追加する機能は、少し異なる目的に役立ちます。システム設定アプリに自分自身を追加する種類のアプリは、ユーティリティ、特にいわゆるヘッドレスユーティリティです（バックグラウンドで実行され、ウィンドウが表示されません）。他のアプリと同じように設定にアクセスするための明確なウィンドウやメニューがない場合、システム設定アプリは、専用の「MyUtility設定」アプリなしで設定にアクセスするための論理的な場所を提供します。
独自の統合設定アプリを作成する場合、ユーザーが論理的に最もアクセスしたい場所から（ほとんどの場合、アプリ自体から）設定に簡単にアクセスできることを覚えておく必要があると思います。また、非常に柔軟なフレームワークを提供して、アプリの作成者がカスタムデータ検証などの複雑な処理を実行できるようにする必要もあります。
これは、Apple（集中化された設定アプリ）で機能するものが、サードパーティでは実際には機能しないケースだと思います。組み込みアプリの設定のほとんどが単一のアプリにはいくつかの意味があります。ネットワーク設定など、実際には単一のアプリに属さないシステム設定もあります。それらを配置する他の明確な場所がないため、これらは設定アプリにある必要があります。
サードパーティの場合、設定が関連付けられているアプリケーションが常に存在するため、アプリ自体に設定を配置する方が理にかなっています（他の理由がない場合は、設定に切り替えて探す必要がないようにするため）。 AppleがUIなしでバックグラウンドで実行されるソフトウェアを許可した場合、設定アプリに設定を実装する十分な理由があります。