Pandoc はMarkdownをPDF（LaTeX経由）に変換できるようです。Wordへの変換はODTまたはRTF最初。
深刻なグリッチを引き起こす可能性のある回避策を使用せずにそれを行う自動ツールはないようです（例：マークダウン-> odt-> docx）。
HTMLを生成してから、Word文書にコピー/貼り付けを行うと、驚くほど見栄えがすることがわかりました。
Bywordは、WordとPDFに変換するMacアプリです。また、マークダウンの記述をさらに簡単にするいくつかの優れた機能もあります。
また、ドキュメントのスタイルを設定したい場合は、.mdファイルにcssを適用し、さまざまな形式にエクスポートできるMarkedアプリをお勧めします。
Linuxソリューションを求めているので、次の1つを使用します。
pandoc README.md -o README.pdf
Mac OSの場合、Markdownを編集できる無料の mou app もあります。印刷機能を使用すると、レンダリングされたドキュメントをpdfとして出力できます。