あなたは言及していませんが、レプリカセットで実行していて、主にプライマリのシャットダウンについて懸念していると仮定します。最も安全な方法でこれを行うには、まずプライマリから降格します。
http://www.mongodb.org/display/DOCS/Forcing+a+Member+to+be+Primary
次に、好みに応じて、通常のシャットダウンプロセスに従うだけです。
または、パッケージからインストールした場合は、init/upstartスクリプトを使用してシャットダウンします。
レプリカセットで実行していない場合は、次のことを行う必要があります。アプリからの書き込みの性質（デフォルトでは、必要に応じて管理可能）は、アプリがTCP接続エラーが発生-データは失われますが、DBをシャットダウンする方法とは関係ありません。