wpmu_signup_blog($domain, $path, $title, $user_name, $user_email);
経由で追加された新規ユーザーは自動的にメインブログに登録されます。これを防ぐことはできますか?彼らが新しく作ったブログの管理者になってほしいだけです。
どこでそれを探し始めるのか私にはわかりませんが、それを処理するのはWordPressの内部メカニズムです。
これは既知のバグです。
修正は3.6.1で利用可能になる予定です。 http://core.trac.wordpress.org/ticket/25166
今のところ、WP Adminでユーザーを一括削除するか、次のようにして(醜い一時的な、3.6.1が利用可能になったら削除します)
add_action( 'wpmu_new_user', function ( $user_id ) {
global $current_site;
remove_user_from_blog( $user_id, $current_site->blog_id ); // remove user from main blog.
} );