断続的なMySQLが「致命的なエラー：バッファープールにメモリを割り当てられません」というエラーでクラッシュする
編集時に追加、2013-05-29：これは長い質問と議論なので、ここに質問と解決策の簡単な要約を示します。小さなLinuxサーバー（1 GBのメモリ）でMySQLとApacheを実行するときに問題が発生しました。 Apacheはより多くのメモリを要求し続け、その結果として、OSは常にMySQLを強制終了してメモリを取り戻しました。 解決策は、ApacheをLighttpdに置き換えることでした。それを行った後、サーバーでのメモリ使用量は数か月間完全に安定しており、クラッシュは発生していません。 編集の終わり
私は小さな仮想サーバーの初心者のシステム管理者です。サーバーの主な機能は、PHPで記述されたオープンソースの Moodle コース管理システムソフトウェアを実行することです。データベース（この場合はMySQL）とWebサーバー（この場合はApache）に依存しています。
サーバーは64ビットCentOSリリース5.8（最終）、1 GBのメモリと200 GBのディスク、カーネルバージョン2.6.18-308.8.2.el5xenを実行しています。 MySQLのバージョンは、readline 5.1を使用するLinux（x86_64）の場合、Ver 14.14 Distrib 5.5.25です。
MoodleソフトウェアはMySQLのそれほどのヘビーユーザーではないと思います。現在、約10人の教師だけがアクセスできます。データベース全体をbzip2でダンプして圧縮すると、結果のダンプのサイズは1 MB未満になります。
数か月前にシステムをセットアップしました。 Apacheサーバーは常に安定していますが、MySQLは何度かクラッシュしました。私はWebから最適な構成について学ぼうとしましたが、/etc/my.cnfファイルを最後に変更したときに、MySQLに付属している/usr/share/doc/mysql55-server-5.5.25/my-large.cnfファイルを例として使用しました。このファイルには、512 MBのメモリを搭載したシステム向けであると記載されているため、メモリ関連の構成パラメーターを使用することで、このシステムは安全になると考えました。 （以前にMySQLのメモリ関連パラメーターをはるかに小さい数で構成していたため、クラッシュが発生した可能性があると思いました。クラッシュはまだ発生していますが、システムは少なくとも高速です。）以下は、/etc/my.cnfの現在の内容です。
# /etc/my.cfg
# The main and only MySQL configuration file on [WEBSITE ADDRESS REDACTED].
# Last updated 2012-09-23 by Teemu Leisti.
# Most of the memory settings are set to be the same as the example setting file
# /usr/share/doc/mysql55-server-5.5.25/my-large.cnf, which is meant for systems
# with 512M of memory. This server currently has twice that, i.e. 1G of memory,
# which should make these settings safe.
[client]
default_character_set = utf8
port = 3306
socket = /var/lib/mysql/mysql.sock
[mysqld]
character_set_filesystem = utf8
character_set_server = utf8
datadir = /var/lib/mysql
innodb_additional_mem_pool_size = 20M
innodb_buffer_pool_size = 256M # You can set .._buffer_pool_size up to
# 50..80% of RAM, but beware of setting
# memory usage too high
innodb_data_file_path = ibdata1:10M:autoextend
innodb_data_home_dir = /var/lib/mysql
innodb_flush_log_at_trx_commit = 1
innodb_lock_wait_timeout = 50
innodb_log_buffer_size = 8M
innodb_log_file_size = 64M # Set .._log_file_size to 25% of buffer
# pool size
innodb_log_group_home_dir = /var/lib/mysql
interactive_timeout = 60
key_buffer_size = 256M
long_query_time = 10
max_allowed_packet = 1M
max_connections = 30
port = 3306
query_cache_limit = 2M # see http://emergent.urbanpug.com/?p=61
query_cache_size = 16M
read_buffer_size = 1M
read_rnd_buffer_size = 4M
skip_networking # Only local processes need to use MySQL
skip_symbolic_links # Disabling symbolic_links is recommended to
# prevent assorted security risks
slow_query_log_file = /var/log/mysql-slow-queries.log
socket = /var/lib/mysql/mysql.sock
sort_buffer_size = 1M
table_open_cache = 256
thread_cache_size = 8
thread_concurrency = 2 # = number of CPUs * 2
user = mysql
wait_timeout = 10
[mysqld_safe]
log_error = /var/log/mysqld.log
open_files_limit = 4096
pid_file = /var/run/mysqld/mysqld.pid
[mysqldump]
quick
max_allowed_packet = 16M
[mysql]
no-auto-rehash
# Remove the next comment character if you are not familiar with SQL
safe-updates
[myisamchk]
key_buffer_size = 128M
sort_buffer_size = 128M
read_buffer = 2M
write_buffer = 2M
[mysqlhotcopy]
interactive-timeout
構成からわかるように、セットアップはInnoDBエンジンを使用し、localhostからのリクエストのみを処理します。システム管理者（私）を除いて、MoodleはMySQLの唯一のユーザーです。
MySQLがクラッシュすると、常に次のものがログファイル/var/log/mysqld.logに書き込まれます（もちろん、タイムスタンプは除きます）。
120926 08:00:51 mysqld_safe Number of processes running now: 0
120926 08:00:51 mysqld_safe mysqld restarted
120926 8:00:53 [Note] Plugin 'FEDERATED' is disabled.
120926 8:00:53 InnoDB: The InnoDB memory heap is disabled
120926 8:00:53 InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins
120926 8:00:53 InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.3
120926 8:00:53 InnoDB: Using Linux native AIO
120926 8:00:53 InnoDB: Initializing buffer pool, size = 256.0M
InnoDB: mmap(274726912 bytes) failed; errno 12
120926 8:00:53 InnoDB: Completed initialization of buffer pool
120926 8:00:53 InnoDB: Fatal error: cannot allocate memory for the buffer pool
120926 8:00:53 [ERROR] Plugin 'InnoDB' init function returned error.
120926 8:00:53 [ERROR] Plugin 'InnoDB' registration as a STORAGE ENGINE failed.
120926 8:00:53 [ERROR] Unknown/unsupported storage engine: InnoDB
120926 8:00:53 [ERROR] Aborting
120926 8:00:53 [Note] /usr/libexec/mysqld: Shutdown complete
120926 08:00:53 mysqld_safe mysqld from pid file /var/run/mysqld/mysqld.pid ended
service mysqld restartをコマンドすることでMySQLを再起動できる場合もありますが、そのコマンドがmysqld dead but subsys lockedの出力で失敗する場合もあります。これらの場合、状況を回復するために私が考えることができた唯一のことは、サーバーを再起動することです。その後、MySQLを再起動できます。これらの場合、出力は次のようになります。
120926 11:43:48 mysqld_safe Starting mysqld daemon with databases from /var/lib/mysql
120926 11:43:48 [Note] Plugin 'FEDERATED' is disabled.
120926 11:43:48 InnoDB: The InnoDB memory heap is disabled
120926 11:43:48 InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins
120926 11:43:48 InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.3
120926 11:43:48 InnoDB: Using Linux native AIO
120926 11:43:48 InnoDB: Initializing buffer pool, size = 256.0M
120926 11:43:48 InnoDB: Completed initialization of buffer pool
120926 11:43:48 InnoDB: highest supported file format is Barracuda.
InnoDB: The log sequence number in ibdata files does not match
InnoDB: the log sequence number in the ib_logfiles!
120926 11:43:48 InnoDB: Database was not shut down normally!
InnoDB: Starting crash recovery.
InnoDB: Reading tablespace information from the .ibd files...
InnoDB: Restoring possible half-written data pages from the doublewrite
InnoDB: buffer...
120926 11:43:51 InnoDB: Waiting for the background threads to start
120926 11:43:52 InnoDB: 1.1.8 started; log sequence number 466807107
120926 11:43:52 [Note] Event Scheduler: Loaded 0 events
120926 11:43:52 [Note] /usr/libexec/mysqld: ready for connections.
Version: '5.5.25' socket: '/var/lib/mysql/mysql.sock' port: 0 MySQL Community Server (GPL)
コマンドfree -mが現在出力するものは次のとおりです。
# free -m
total used free shared buffers cached
Mem: 1024 869 154 0 70 153
-/+ buffers/cache: 644 379
Swap: 0 0 0
通常、「空き」列は50〜100 MBです。
コマンドulimit -aの出力：
# ulimit -a
core file size (blocks, -c) 0
data seg size (kbytes, -d) unlimited
scheduling priority (-e) 0
file size (blocks, -f) unlimited
pending signals (-i) 8192
max locked memory (kbytes, -l) 32
max memory size (kbytes, -m) unlimited
open files (-n) 1024
pipe size (512 bytes, -p) 8
POSIX message queues (bytes, -q) 819200
real-time priority (-r) 0
stack size (kbytes, -s) 10240
cpu time (seconds, -t) unlimited
max user processes (-u) 8192
virtual memory (kbytes, -v) unlimited
file locks (-x) unlimited
次のような/var/www/html/moodle/config.phpを除いて、Moodleの設定やコードファイルを変更していません（スペースを節約するためにコメント行が削除されています）。
<?php
unset($CFG); // Ignore this line
global $CFG; // This is necessary here for PHPUnit execution
$CFG = new stdClass();
$CFG->dbtype = 'mysqli'; // 'pgsql', 'mysqli', 'mssql', 'sqlsrv' or 'oci'
$CFG->dblibrary = 'native'; // 'native' only at the moment
$CFG->dbhost = 'localhost'; // eg 'localhost' or 'db.isp.com' or IP
$CFG->dbname = 'moodle'; // database name, eg moodle
$CFG->dbuser = 'moodleuser'; // your database username
$CFG->dbpass = '[REDACTED]'; // your database password
$CFG->prefix = 'moodle_'; // prefix to use for all table names
$CFG->dboptions = array(
'dbpersist' => false, // should persistent database connections be
// used? set to 'false' for the most stable
// setting, 'true' can improve performance
// sometimes
'dbsocket' => true, // should connection via UNIX socket be used?
// if you set it to 'true' or custom path
// here set dbhost to 'localhost',
// (please note mysql is always using socket
// if dbhost is 'localhost' - if you need
// local port connection use '127.0.0.1')
'dbport' => '', // the TCP port number to use when connecting
// to the server. keep empty string for the
// default port
);
$CFG->passwordsaltmain = '[REDACTED]';
$CFG->wwwroot = 'http://[REDACTED]';
$CFG->dataroot = '/var/moodledata';
$CFG->directorypermissions = 02777;
$CFG->admin = 'admin';
date_default_timezone_set('Europe/Helsinki');
$CFG->disableupdatenotifications = true;
require_once(dirname(__FILE__) . '/lib/setup.php'); // Do not edit
（しかし、私は2つのMoodleプラグインをインストールしました Attendance module and block ですが、この問題にどのように関与することができるのかわかりません。）
1週間前に/etc/my.cnfを現在の状態に更新した後でも、MySQLは上記の症状で数回クラッシュしました。データベース管理の初心者であり、この問題について多くのグーグルを行った後、私は次に何をすべきかについて途方に暮れています。助言がありますか？さらに設定データを投稿する必要がありますか？
編集時の追加：
ファイル/var/log/messages.1の内容は次のとおりです。
Sep 23 04:02:18 [machine name] syslogd 1.4.1: restart.
Sep 26 08:00:51 [machine name] kernel: mysqld invoked oom-killer: gfp_mask=0x201d2, order=0, oomkilladj=0
Sep 26 08:00:51 [machine name] kernel:
Sep 26 08:00:51 [machine name] kernel: Call Trace:
Sep 26 08:00:51 [machine name] kernel: [<ffffffff802c1bd5>] out_of_memory+0x8b/0x203
Sep 26 08:00:51 [machine name] kernel: [<ffffffff8020fa49>] __alloc_pages+0x27f/0x308
Sep 26 08:00:51 [machine name] kernel: [<ffffffff802139c9>] __do_page_cache_readahead+0xc8/0x1af
Sep 26 08:00:51 [machine name] kernel: [<ffffffff8021423a>] filemap_nopage+0x14c/0x360
Sep 26 08:00:51 [machine name] kernel: [<ffffffff80208e9d>] __handle_mm_fault+0x444/0x144f
Sep 26 08:00:51 [machine name] kernel: [<ffffffff80263929>] _spin_lock_irqsave+0x9/0x14
Sep 26 08:00:51 [machine name] kernel: [<ffffffff8023f468>] lock_timer_base+0x1b/0x3c
Sep 26 08:00:51 [machine name] kernel: [<ffffffff80266d94>] do_page_fault+0xf72/0x131b
Sep 26 08:00:51 [machine name] kernel: [<ffffffff802e5f4f>] sys_io_getevents+0x311/0x359
Sep 26 08:00:51 [machine name] kernel: [<ffffffff802e4e56>] timeout_func+0x0/0x10
Sep 26 08:00:51 [machine name] kernel: [<ffffffff8025f82b>] error_exit+0x0/0x6e
Sep 26 08:00:51 [machine name] kernel:
Sep 26 08:00:51 [machine name] kernel: Mem-info:
Sep 26 08:00:51 [machine name] kernel: DMA per-cpu:
Sep 26 08:00:51 [machine name] kernel: cpu 0 hot: high 0, batch 1 used:0
Sep 26 08:00:51 [machine name] kernel: cpu 0 cold: high 0, batch 1 used:0
Sep 26 08:00:51 [machine name] kernel: DMA32 per-cpu:
Sep 26 08:00:51 [machine name] kernel: cpu 0 hot: high 186, batch 31 used:117
Sep 26 08:00:51 [machine name] kernel: cpu 0 cold: high 62, batch 15 used:53
Sep 26 08:00:51 [machine name] kernel: Normal per-cpu: empty
Sep 26 08:00:51 [machine name] kernel: HighMem per-cpu: empty
Sep 26 08:00:51 [machine name] kernel: Free pages: 7256kB (0kB HighMem)
Sep 26 08:00:51 [machine name] kernel: Active:241649 inactive:0 dirty:0 writeback:0 unstable:0 free:1814 slab:4104 mapped-file:1153 mapped-anon:240592 pagetables:3298
Sep 26 08:00:51 [machine name] kernel: DMA free:3268kB min:32kB low:40kB high:48kB active:0kB inactive:0kB present:9068kB pages_scanned:0 all_unreclaimable? yes
Sep 26 08:00:51 [machine name] kernel: lowmem_reserve[]: 0 994 994 994
Sep 26 08:00:51 [machine name] kernel: DMA32 free:3988kB min:4016kB low:5020kB high:6024kB active:966596kB inactive:0kB present:1018080kB pages_scanned:6327262 all_unreclaimable? yes
Sep 26 08:00:52 [machine name] kernel: lowmem_reserve[]: 0 0 0 0
Sep 26 08:00:52 [machine name] kernel: Normal free:0kB min:0kB low:0kB high:0kB active:0kB inactive:0kB present:0kB pages_scanned:0 all_unreclaimable? no
Sep 26 08:00:52 [machine name] kernel: lowmem_reserve[]: 0 0 0 0
Sep 26 08:00:52 [machine name] kernel: HighMem free:0kB min:128kB low:128kB high:128kB active:0kB inactive:0kB present:0kB pages_scanned:0 all_unreclaimable? no
Sep 26 08:00:52 [machine name] kernel: lowmem_reserve[]: 0 0 0 0
Sep 26 08:00:52 [machine name] kernel: DMA: 1*4kB 2*8kB 1*16kB 1*32kB 2*64kB 2*128kB 1*256kB 1*512kB 2*1024kB 0*2048kB 0*4096kB = 3268kB
Sep 26 08:00:52 [machine name] kernel: DMA32: 17*4kB 2*8kB 2*16kB 1*32kB 0*64kB 0*128kB 1*256kB 1*512kB 1*1024kB 1*2048kB 0*4096kB = 3988kB
Sep 26 08:00:52 [machine name] kernel: Normal: empty
Sep 26 08:00:52 [machine name] kernel: HighMem: empty
Sep 26 08:00:52 [machine name] kernel: 1214 pagecache pages
Sep 26 08:00:52 [machine name] kernel: Swap cache: add 0, delete 0, find 0/0, race 0+0
Sep 26 08:00:52 [machine name] kernel: Free swap = 0kB
Sep 26 08:00:52 [machine name] kernel: Total swap = 0kB
Sep 26 08:00:52 [machine name] kernel: Free swap: 0kB
Sep 26 08:00:52 [machine name] kernel: 262144 pages of RAM
Sep 26 08:00:52 [machine name] kernel: 8320 reserved pages
Sep 26 08:00:52 [machine name] kernel: 22510 pages shared
Sep 26 08:00:52 [machine name] kernel: 0 pages swap cached
Sep 26 08:00:52 [machine name] kernel: Out of memory: Killed process 1371, UID 27, (mysqld).
11:42の再起動に関連する行。
編集の追加＃2：
マイケルの回答にコメントしようとしたのですが、コメントの文字数制限にぶつかったので、ここで回答します。
答えてくれてありがとう、マイケル。質問を編集して、クラッシュ時のマシンのシステムログの内容を含めました。 （CentOSはシステムログ/var/log/messagesを呼び出すようです。）
はい、MySQLとシステムログはどちらも、リンクした質問のログとほとんど同じように見えます。そして、あなたがそれを述べたところで、mysql restartedメッセージがMySQLがすでにクラッシュしたことを意味することは一種の明白です。システムログは、プロセスを取得したのがoom_killerであることを示しています。以前の回答では、「最初の推測：Apacheの子プロセスは無事に実行されます」と書いています。ここでもApacheが明らかな容疑者であるように思えます。
以前、記事 MySQLとApacheを低メモリ使用量に最適化する、パート1 を見つけました。 Apacheの設定について、著者は次のように推奨しています。「最初に、Apache。最初のステートメントは、それを回避できる場合は、試してみることです。Lighttpdとthttpdはどちらも非常に優れたフリルWebサーバーではなく、PHPでlighttpdを実行できます。大量のサイトを実行している場合、静的コンテンツ（通常は画像とJavaScriptファイル）をLighttpdなどの軽量で超高速のHTTPdサーバーに渡すことで、パフォーマンスを大幅に向上させることができます。
私は作者の助言を仰ぐことを考えており、来週末にサーバー上でApacheをLighttpdに置き換えることをクライアントに同意しました。問題が解決することを願っています。 2つの仮想サーバーを使用することはおそらく不可能です。
MySQLやApacheなどの2つの安定した成熟したオープンソースサーバーを同じマシンで使用し、妥当な量のメモリを使用するのは、これほど面倒だとは思っていませんでした。
私の回答 から この最近の質問 を確認してください。状況は同じだと思います。
MySQLは問題ではないので、この時点ではMySQL設定を変更しないでください。これは問題の症状にすぎません...少量のメモリとゼロのスワップスペースを持つシステムがあるように見えます。
サーバーは ない クラッシュ 「ので」 バッファプールにメモリを割り当てることができません。サーバーがクラッシュしています...システムメモリが利用できないため、その後再起動できません。 InnoDBバッファープール用に構成されたすべてのメモリは、mysqlの起動時にシステムから要求されます。
このログメッセージが表示されたら...
120926 08:00:51 mysqld_safe Number of processes running now: 0
...サーバーはすでに停止しています。これより前に何も記録されていない場合、最初のクラッシュについては何も記録しません。後続のログは、再起動の自動試行後のものです。
Syslogを確認すると、極端なメモリ不足状態が原因で強制終了するプロセスをカーネルが探しているメッセージが見つかります。
ステップ1では、スワップスペースを追加したり、可能な場合はRAMを割り当てたりします。
それが不可能な場合は、実際に検討することができます 減少 構成内のinnodb-buffer-poolサイズ。 （実際に自分がそう言うのを聞くとは思いもしませんでした）。データベースが小さく、トラフィックが少ない限り、それほど大きなバッファープールは必要ない可能性があります... InnoDBバッファープールのメモリは、必要かどうかにかかわらず、起動時にすべて割り当てられるため、これにより、システムが要求するもののためのメモリ。 （RAM全体の75％から80％の推奨値は、サーバー全体がMySQL専用である場合にのみ当てはまります。）
ステップ2では、Apacheのフォークモデルと、サーバーが過負荷にならないようにするために構成で異なる方法を実行する必要があるかどうかを確認します。 Apache子プロセスの量またはメモリ要件の制御されていない増加がイベントのカスケードを開始し、カーネルがMySQLを強制終了してサーバー全体の完全なクラッシュを回避しようとしている可能性があります。
柔軟性に応じて、ApacheとMySQLの2つの個別の仮想マシンを検討することもできます。