MySQLを5.7にアップグレードするとInnoDBでクラッシュする：sys_virtual_system_tablesを作成する
仮想Ubuntu Xenialマシンでアップグレードを実行しようとしています。 aptitude install mysql-serverを使用して5.6から5.7にアップグレードしようとしています。
失敗したmysqldを起動しようとするまで、すべてうまくいきました。
MySQLエラーログには、2〜3回繰り返される次の情報が表示されます。
2017-03-14T15:57:22.066525Z 0 [Warning] Changed limits: max_open_files: 1024 (requested 5000)
2017-03-14T15:57:22.066581Z 0 [Warning] Changed limits: table_open_cache: 431 (requested 2000)
2017-03-14T15:57:22.215229Z 0 [Warning] TIMESTAMP with implicit DEFAULT value is deprecated. Please use --explicit_defaults_for_timestamp server option (see documentation for more details).
2017-03-14T15:57:22.217094Z 0 [Note] /usr/sbin/mysqld (mysqld 5.7.17-0ubuntu0.16.04.1) starting as process 3620 ...
2017-03-14T15:57:22.220724Z 0 [Note] InnoDB: PUNCH HOLE support available
2017-03-14T15:57:22.220750Z 0 [Note] InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins
2017-03-14T15:57:22.220760Z 0 [Note] InnoDB: Uses event mutexes
2017-03-14T15:57:22.220771Z 0 [Note] InnoDB: GCC builtin __atomic_thread_fence() is used for memory barrier
2017-03-14T15:57:22.220783Z 0 [Note] InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.8
2017-03-14T15:57:22.220796Z 0 [Note] InnoDB: Using Linux native AIO
2017-03-14T15:57:22.220999Z 0 [Note] InnoDB: Number of pools: 1
2017-03-14T15:57:22.221079Z 0 [Note] InnoDB: Not using CPU crc32 instructions
2017-03-14T15:57:22.222384Z 0 [Note] InnoDB: Initializing buffer pool, total size = 128M, instances = 1, chunk size = 128M
2017-03-14T15:57:22.232778Z 0 [Note] InnoDB: Completed initialization of buffer pool
2017-03-14T15:57:22.234829Z 0 [Note] InnoDB: If the mysqld execution user is authorized, page cleaner thread priority can be changed. See the man page of setpriority().
2017-03-14T15:57:22.247455Z 0 [Note] InnoDB: Highest supported file format is Barracuda.
2017-03-14T15:57:22.247958Z 0 [Note] InnoDB: Log scan progressed past the checkpoint lsn 42118565388
2017-03-14T15:57:22.247975Z 0 [Note] InnoDB: Doing recovery: scanned up to log sequence number 42118565397
2017-03-14T15:57:22.248327Z 0 [Note] InnoDB: Doing recovery: scanned up to log sequence number 42118565397
2017-03-14T15:57:22.248340Z 0 [Note] InnoDB: Database was not shutdown normally!
2017-03-14T15:57:22.248348Z 0 [Note] InnoDB: Starting crash recovery.
2017-03-14T15:57:22.423202Z 0 [Note] InnoDB: Removed temporary tablespace data file: "ibtmp1"
2017-03-14T15:57:22.423257Z 0 [Note] InnoDB: Creating shared tablespace for temporary tables
2017-03-14T15:57:22.423320Z 0 [Note] InnoDB: Setting file './ibtmp1' size to 12 MB. Physically writing the file full; Please wait ...
2017-03-14T15:57:22.625954Z 0 [Note] InnoDB: File './ibtmp1' size is now 12 MB.
2017-03-14T15:57:22.627678Z 0 [Note] InnoDB: 96 redo rollback segment(s) found. 96 redo rollback segment(s) are active.
2017-03-14T15:57:22.627711Z 0 [Note] InnoDB: 32 non-redo rollback segment(s) are active.
2017-03-14T15:57:22.628073Z 0 [Note] InnoDB: Creating sys_virtual system tables.
2017-03-14 15:57:22 0xb72c4700 InnoDB: Assertion failure in thread 3073132288 in file os0file.cc line 1687
InnoDB: Failing assertion: offset > 0
InnoDB: We intentionally generate a memory trap.
InnoDB: Submit a detailed bug report to http://bugs.mysql.com.
InnoDB: If you get repeated assertion failures or crashes, even
InnoDB: immediately after the mysqld startup, there may be
InnoDB: corruption in the InnoDB tablespace. Please refer to
InnoDB: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/forcing-innodb-recovery.html
InnoDB: about forcing recovery.
15:57:22 UTC - mysqld got signal 6 ;
This could be because you hit a bug. It is also possible that this binary
or one of the libraries it was linked against is corrupt, improperly built,
or misconfigured. This error can also be caused by malfunctioning hardware.
Attempting to collect some information that could help diagnose the problem.
As this is a crash and something is definitely wrong, the information
collection process might fail.
key_buffer_size=16777216
read_buffer_size=131072
max_used_connections=0
max_threads=151
thread_count=0
connection_count=0
It is possible that mysqld could use up to
key_buffer_size + (read_buffer_size + sort_buffer_size)*max_threads = 75717 K bytes of memory
Hope that's ok; if not, decrease some variables in the equation.
バックトレースで：
Thread pointer: 0x0
Attempting backtrace. You can use the following information to find out
where mysqld died. If you see no messages after this, something went
terribly wrong...
stack_bottom = 0 thread_stack 0x30000
/usr/sbin/mysqld(my_print_stacktrace+0x3c)[0x8a8499c]
/usr/sbin/mysqld(handle_fatal_signal+0x426)[0x837e776]
[0xb7726c14]
[0xb7726c31]
/lib/i386-linux-gnu/libc.so.6(gsignal+0x39)[0xb730dea9]
/lib/i386-linux-gnu/libc.so.6(abort+0x157)[0xb730f407]
/usr/sbin/mysqld[0x8355255]
/usr/sbin/mysqld[0x8c179d1]
/usr/sbin/mysqld[0x8c1c42f]
/usr/sbin/mysqld(_Z17os_file_read_funcR9IORequestiPvym+0x21)[0x8c1cb91]
/usr/sbin/mysqld(_Z11os_aio_funcR9IORequestmPKciPvymbP10fil_node_tS3_+0x16e)[0x8c1d6ae]
/usr/sbin/mysqld(_Z6fil_ioRK9IORequestbRK9page_id_tRK11page_size_tmmPvS8_+0x78b)[0x8e0be2b]
/usr/sbin/mysqld(_Z13buf_read_pageRK9page_id_tRK11page_size_t+0xde)[0x8db882e]
/usr/sbin/mysqld(_Z16buf_page_get_genRK9page_id_tRK11page_size_tmP11buf_block_tmPKcmP5mtr_tb+0x4f3)[0x8d84bf3]
/usr/sbin/mysqld(_Z19xdes_get_descriptormmRK11page_size_tP5mtr_t+0x1c2)[0x8e104a2]
/usr/sbin/mysqld[0x8e13293]
/usr/sbin/mysqld(_Z14fseg_free_pagePhmmbP5mtr_t+0x15d)[0x8e14bbd]
/usr/sbin/mysqld[0x8bd2401]
/usr/sbin/mysqld(_Z22ibuf_free_excess_pagesv+0xf7)[0x8bd2927]
/usr/sbin/mysqld(_Z19fseg_create_generalmmmmP5mtr_t+0x9c8)[0x8e18c38]
/usr/sbin/mysqld(_Z11fseg_createmmmP5mtr_t+0x25)[0x8e18d65]
/usr/sbin/mysqld(_Z10btr_createmmRK11page_size_tyP12dict_index_tPK12btr_create_tP5mtr_t+0x16d)[0x8d4e54d]
/usr/sbin/mysqld[0x8dc4282]
/usr/sbin/mysqld(_Z22dict_create_index_stepP9que_thr_t+0x6b)[0x8dc448b]
/usr/sbin/mysqld(_Z15que_run_threadsP9que_thr_t+0x1016)[0x8c4b866]
/usr/sbin/mysqld(_Z12que_eval_sqlP11pars_info_tPKcmP5trx_t+0xa2)[0x8c4bdb2]
/usr/sbin/mysqld(_Z32dict_create_or_check_sys_virtualv+0x74e)[0x8dc195e]
/usr/sbin/mysqld(_Z34innobase_start_or_create_for_mysqlv+0x44b6)[0x8ce6b86]
/usr/sbin/mysqld[0x8b96e9e]
/usr/sbin/mysqld(_Z24ha_initialize_handlertonP13st_plugin_int+0x52)[0x83cc0d2]
/usr/sbin/mysqld[0x885d5c2]
/usr/sbin/mysqld(_Z11plugin_initPiPPci+0x60f)[0x886554f]
/usr/sbin/mysqld[0x8376bc5]
/usr/sbin/mysqld(_Z11mysqld_mainiPPc+0x83b)[0x837849b]
/usr/sbin/mysqld(main+0x27)[0x8356d97]
/lib/i386-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0xf7)[0xb72fa637]
/usr/sbin/mysqld[0x836e900]
The manual page at http://dev.mysql.com/doc/mysql/en/crashing.html contains
information that should help you find out what is causing the crash.
設定ファイルにinnodb_force_recovery = 1を追加しましたが、これによりエラーの前にいくつかのリカバリ情報が得られますが、このフラグがなくてもエラーが発生します。私は他の回復モードを試そうとしませんでした。なぜなら、ドキュメントは特にsys_virtual_tablesを支援する他のモードを指し示していないからです（そしてそれらのいくつかは永久的なダメージを与えることができるようです）。
パーティションには約10GBの空き容量があるので、ディスクサイズの問題ではないことはわかっています。
それがメモリの問題かどうかはわかりません：
# cat /proc/meminfo
MemTotal: 2520008 kB
MemFree: 2070012 kB
MemAvailable: 2116656 kB
アップグレードの何が問題になっていますか？それを続行するオプションはありますか？それとも5.6にダウングレードしてみる価値はありますか？ （Aptitude/apt-getは現在、これを防ぎます。それは、何か他のことをする前に5.7のインストールの設定を完了したいので失敗します）。
私はmysqlサーバーを自動的にaptitudeにアップグレードさせません-重要ではない小規模なインストールでは問題ないかもしれませんが、プロセスを100％制御できるように手動で実行したい-バックアップを最初に作成し、構成を変更したいオプションなど。通常は安全なプロセスですが、何か問題が発生したときに苦しむことはありません。
低レベルのファイル読み取り操作でアサートが失敗している理由を言うのは困難です： https://github.com/mysql/mysql-server/blob/71f48ab393bce80a59e5a2e498cd1f46f6b43f9a/storage/innobase/ include/os0file.h
手動でアップグレードしようとするとどうなりますか？ （mysql_upgradeコマンド）最初に試してみます。クラッシュする前ではなく、正常にシャットダウンされなかったために回復していたため、以前の根本的な原因がある可能性があります。サーバーが起動した場合、mysqldumpでその内容をダンプし、その内容を削除し、0から開始して、再インポートします。ある種のテーブルスペースの破損が発生している場合は、多くの頭痛の種を回避できます。