2つの間には多くの違いがあります。 MongoDBは、従来のRDBMS（誰も撃たない）に似ています。 CouchDBはマスターマスターレプリケーションを実行します。これはかなり詳しく文書化されています かなりバリーフーされたブログ投稿 。
どちらも現在進化しているため、今日選択した場合、後で切り替える必要がある場合があります。
プロトタイプのアプリを両方に実装して、両方を徹底的にレビューした会社を知っています。彼らは、プロジェクトの要件に基づいて、十分な情報に基づいた選択をしました。当初、彼らは選択で成功しましたが、約6か月後、一部の要件がより完全に理解され、問題が発生しました。今、彼らは他のデータベースに移行しています。この6か月の間に、他のデータベースには問題を克服するためのいくつかの機能が追加されましたが、選ばれたデータベース管理者はさまざまな問題と機能セットに取り組んできました。
要するに、あなたはプロジェクトを掘り下げて、何がプロジェクトにとって十分に機能するかを確認する必要があるようです。他の選択肢を常に把握しておくことで、不可能な問題が発生した場合に、切り替えが理にかなっているかどうかを判断できます。