複数のコアでGNUオクターブスクリプトを実行
4コアPCでGNU Octave 4.0.0を使用してモンテカルロシミュレーションを計算しています。シミュレーションは、スクリプトを50,000回計算するのに約4時間かかります（私の問題に固有）。計算に多くの時間を費やしています。計算時間を短縮するために、複数のコアで同時にOctaveを実行する方法があるかどうか疑問に思いました。
前もって感謝します。
GNU Parallelはマルチスレッドを実行しませんが、willマルチプロセッシングを実行します。これで十分かもしれません。
seq 50000 | parallel my_MC_sim --iteration {}
デフォルトではCPUコアごとに1プロセスになり、2つの並列ジョブの出力が混在しないようにします。
この並列化をOctaveスクリプトに含めることもできます。 https://www.gnu.org/software/parallel/parallel_tutorial.html#Shebang を参照してください。
GNU Parallelは一般的な並列処理機能であり、同じマシン上またはsshアクセスできる複数のマシン上でジョブを簡単に並列実行できます。多くの場合、forループを置き換えることができます。
4つのCPUで実行する32の異なるジョブがある場合、並列化する簡単な方法は、各CPUで8つのジョブを実行することです。
代わりに、GNU Parallelは、終了時に新しいプロセスを生成します。つまり、CPUをアクティブに保ち、時間を節約します。
インストール
GNU Parallelがディストリビューション用にパッケージ化されていない場合は、rootアクセスを必要としない個人インストールを実行できます。これを行うことで10秒で実行できます。
(wget -O - pi.dk/3 || curl pi.dk/3/ || fetch -o - http://pi.dk/3) | bash
その他のインストールオプションについては、 http://git.savannah.gnu.org/cgit/parallel.git/tree/README を参照してください。
詳細
その他の例を参照してください： http://www.gnu.org/software/parallel/man.html
イントロビデオを見る： https://www.youtube.com/playlist?list=PL284C9FF2488BC6D1
チュートリアルをウォークスルーします： http://www.gnu.org/software/parallel/parallel_tutorial.html
サポートを受けるためにメーリングリストにサインアップしてください： https://lists.gnu.org/mailman/listinfo/parallel