ハードウェアスイッチで書き込み保護されていない限り、それは問題になりません。 rootになる必要があります。 「フォーマット」とは、すべてのファイルを削除し、ファイルシステムを再作成することを意味すると思います。これを行うには、partedまたはgpartedを使用して新しいパーティションを作成します。
GPartedは簡単です-それはグラフィカルアプリケーションですが、partedはコマンドラインからです。
ただし、基本的には、ドライブがどのデバイスであるか（おそらく/ dev/sdbまたはsdcの後ろの文字）を見つけ、古いパーティションを削除して新しいパーティションを作成します。
FAT32はおそらく必要なファイルシステムですが、それはあなた次第です。 GPartedはgnomeでかなり簡単にインストールできます（おそらくディストリビューションのリポジトリにあります）。そのルートを使いたい場合、partedにはmanページがあり、おそらくすでにインストールされています。
それで十分ですが、データは完全に消去されません（つまり、CSI/ID泥棒はデータにアクセスできます。そのためには、ddを使用して/ dev/zeroからすべてのものをコピーできます、しかし私はあなたが尋ねない限りそれには入りません）。
ここ は、誰かが非常によく似た質問をしたUbuntuフォーラムへのリンクです。
Fdiskを使用します。まず、どのデバイスで作業しているかを知る必要があります。これは、以下を実行することで実行できます。まず、USBドライブが接続されていないことを確認します。次に、次のコマンドを実行します。
ls /dev/sd*
それが完了したら、ペンドライブを挿入し、上記のコマンドを再度実行します。以前に存在しなかったドライブ（ex sdc）がペンドライブです。ここでは、これをsdXと呼びます。次に、fdiskを使用する必要があります。
fdisk /dev/sdX
そこからパーティションテーブルを一掃し、新しいプライマリパーティションを作成し、どのタイプのパーティションにするかを選択します。詳細は here をご覧ください。
ここで、作成するファイルシステムに応じて、いくつかのユーティリティがあります。ここからドライブをフォーマットする必要があります。ディストリビューションとドライブのフォーマット先に応じて、パッケージにはさまざまなオプションがありますが、私が見た中で最も一般的に使用されるものは、ntfsをフォーマットするためのmkdosfsとext4のためのe2mkfsです。
編集：
ルーズキャノンが言ったように、それが書き込み保護されていることは本当に問題ではありません、そして私はあなたがターミナルからこれを行う方法を探していたと仮定していました。 GUIを使用したい場合は、loosecannonが適切です。ディストリビューションにパッケージが含まれている場合は、GPartedが適しています。