私は特定のpythonスクリプトをしばらく実行していました。この前の何ヶ月もの間、すべてのスクリプトは(Jupyterを含めて)完全に問題なく実行されていました。今、私のシステムのjupyterコードの特定の行(下記のコードの最後の行)で次のエラーメッセージの表示を開始しました。コードの最後の行(ユーザー定義関数を呼び出してペアカウントを行います。ユーザー定義関数(correlation.polepy)は https://github.com/OMGitsHongyu/N-body-analysis から確認できます
これは私が受け取っているエラーメッセージです:
Kernel Restarting
The kernel appears to have died. It will restart automatically.
そして、これが私のPythonコードのスケルトンです:
from __future__ import division
import numpy as np
import correlation
from scipy.spatial import cKDTree
File1 = np.loadtxt('/Users/Sidd/Research/fname1.txt')
File2 = np.loadtxt('/Users/Sidd/Research/fname2.txt')
masscut = 1.1*np.power(10,13)
mark1 = (np.where(File1[:,0]>masscut))[0]
mark2 = (np.where(File2[:,0]>masscut))[0]
Data1 = File1[mark1,1:8]
Data2 = File2[mark2,1:8]
Xi_masscut = correlation.polepy(p1=Data1, p2=Data2, rlim=150, nbins=150, nhocells=100, blen=1024, dis_f=100)
IPythonを使用しようとすると、同様の問題が発生します(コードの最後の行)。 Python(implement in terminal))を使用しようとすると、「Segmentation fault:11 "。Python 2.7.13 :: Anaconda 2.5.0(x86_64)を使用しています。
私はすでに解決策を探して次の方法を試しました:
1。>この問題が尋ねられたstackoverflowの以前のリンクのいくつかをチェックしました: カーネルが停止したようです。自動的に再起動
上記のリンクにある解決策を試しました。残念ながら、私の場合はうまくいかないようです。これは、上記のリンクで言及されたソリューションです。
conda update mkl
2。>システムのメモリが不足しているかどうかを確認するために、メモリに負荷のかかるすべてのアプリケーションを閉じました。私のシステムには16 GBの物理メモリがあり、9 GBを超える空きメモリがある場合でもこの問題が発生します(この問題は、他のタスクで14 GBを使用していて、2 GB未満の場合でも以前には発生していませんでした)以前に特定の入力でタスクを実行できたことと、まったく同じ入力で計算を複製できないことは、非常に驚くべきことです。)
3。>別のリンクを見ました: https://Alpine.atlassian.net/wiki/plugins/servlet/mobile?contentId= 134545485#content/view/134545485
これは同様の問題に取り組んでいるようであり、Dockerコンテナーに十分なメモリがないと述べています。そこで言及されている提案をどのように実装するかについて疑問がありました。
全体として、最初からこの問題がどのように発生したのかはわかりません。この問題を解決するにはどうすればよいですか?どんな助けでも大歓迎です。
ライブラリをpipではなくcondaで再インストールします。