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ループでプロットするときにMatplotlibがメモリ不足になる

私はこのように見えるかなり単純なプロットルーチンを持っています：

_from __future__ import division
import datetime
import matplotlib
matplotlib.use('Agg')
from matplotlib.pyplot import figure, plot, show, legend, close, savefig, rcParams
import numpy
from globalconstants import *

    def plotColumns(columnNumbers, t, out, showFig=False, filenamePrefix=None, saveFig=True, saveThumb=True):
        lineProps = ['b', 'r', 'g', 'c', 'm', 'y', 'k', 'b--', 'r--', 'g--', 'c--', 'm--', 'y--', 'k--', 'g--', 'b.-', 'r.-', 'g.-', 'c.-', 'm.-', 'y.-', 'k.-']

        rcParams['figure.figsize'] = (13,11)
        for i in columnNumbers:
            plot(t, out[:,i], lineProps[i])

        legendStrings = list(numpy.zeros(NUMCOMPONENTS)) 
        legendStrings[GLUCOSE] = 'GLUCOSE'
        legendStrings[CELLULOSE] = 'CELLULOSE'
        legendStrings[STARCH] = 'STARCH'
        legendStrings[ACETATE] = 'ACETATE'
        legendStrings[BUTYRATE] = 'BUTYRATE'
        legendStrings[SUCCINATE] = 'SUCCINATE'
        legendStrings[HYDROGEN] = 'HYDROGEN'
        legendStrings[PROPIONATE] = 'PROPIONATE'
        legendStrings[METHANE] = "METHANE"

        legendStrings[RUMINOCOCCUS] = 'RUMINOCOCCUS'
        legendStrings[METHANOBACTERIUM] = "METHANOBACTERIUM"
        legendStrings[BACTEROIDES] = 'BACTEROIDES'
        legendStrings[SELENOMONAS] = 'SELENOMONAS'
        legendStrings[CLOSTRIDIUM] = 'CLOSTRIDIUM'

        legendStrings = [legendStrings[i] for i in columnNumbers]
        legend(legendStrings, loc='best')

        dt = datetime.datetime.now()
        dtAsString = dt.strftime('%d-%m-%Y_%H-%M-%S')

        if filenamePrefix is None:
            filenamePrefix = ''

        if filenamePrefix != '' and filenamePrefix[-1] != '_':
            filenamePrefix += '_'

        if saveFig: 
            savefig(filenamePrefix+dtAsString+'.eps')

        if saveThumb:
            savefig(filenamePrefix+dtAsString+'.png', dpi=300)


        if showFig: f.show()

        close('all')
_

これを1回の反復でプロットすると、うまく機能します。しかし、ループに入れた瞬間、matplotlibはヒスノイズフィットをスローします...

_Traceback (most recent call last):
  File "c4hm_param_variation_h2_conc.py", line 148, in <module>
    plotColumns(columnNumbers, timeVector, out, showFig=False, filenamePrefix='c
4hm_param_variation_h2_conc_'+str(hydrogen_conc), saveFig=False, saveThumb=True)

  File "D:\phdproject\alexander paper\python\v3\plotcolumns.py", line 48, in plo
tColumns
    savefig(filenamePrefix+dtAsString+'.png', dpi=300)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\pyplot.py", line 356, in savefi
g
    return fig.savefig(*args, **kwargs)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\figure.py", line 1032, in savef
ig
    self.canvas.print_figure(*args, **kwargs)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\backend_bases.py", line 1476, i
n print_figure
    **kwargs)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\backends\backend_agg.py", line
358, in print_png
    FigureCanvasAgg.draw(self)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\backends\backend_agg.py", line
314, in draw
    self.figure.draw(self.renderer)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\artist.py", line 46, in draw_wr
apper
    draw(artist, renderer, *kl)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\figure.py", line 773, in draw
    for a in self.axes: a.draw(renderer)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\artist.py", line 46, in draw_wr
apper
    draw(artist, renderer, *kl)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\axes.py", line 1735, in draw
    a.draw(renderer)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\artist.py", line 46, in draw_wr
apper
    draw(artist, renderer, *kl)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\legend.py", line 374, in draw
    bbox = self._legend_box.get_window_extent(renderer)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\offsetbox.py", line 209, in get
_window_extent
    px, py = self.get_offset(w, h, xd, yd)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\offsetbox.py", line 162, in get
_offset
    return self._offset(width, height, xdescent, ydescent)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\legend.py", line 360, in findof
fset
    return _findoffset(width, height, xdescent, ydescent, renderer)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\legend.py", line 325, in _findo
ffset_best
    ox, oy = self._find_best_position(width, height, renderer)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\legend.py", line 817, in _find_
best_position
    verts, bboxes, lines = self._auto_legend_data()
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\legend.py", line 669, in _auto_
legend_data
    tpath = trans.transform_path(path)
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\transforms.py", line 1911, in t
ransform_path
    self._a.transform_path(path))
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\transforms.py", line 1122, in t
ransform_path
    return Path(self.transform(path.vertices), path.codes,
  File "C:\Python25\lib\site-packages\matplotlib\transforms.py", line 1402, in t
ransform
    return affine_transform(points, mtx)
MemoryError: Could not allocate memory for path
_

これは、違いがある場合、反復1（1から数えます）で発生します。コードはWindowsで実行されていますXP 32ビットpython 2.5およびmatplotlib 0.99.1、numpy 1.3.0およびscipy 0.7.1.

編集：コードが更新され、legend()の呼び出し時に実際にクラッシュが発生するという事実が反映されました。この吹き出しにコメントすると問題は解決しますが、グラフに凡例を付けられるようにしたいのですが...

pythonnumpymatplotlib
27
Chinmay Kanchi

各ループは新しい図を生成することになっていますか？ループを閉じたり、ループからループへと新しいFigureインスタンスを作成したりすることはありません。

この呼び出しは、ループの最後で現在のFigureを保存した後に消去します。

pyplot.clf（）

ただし、リファクタリングして、コードをさらにOOにして、ループごとに新しい図のインスタンスを作成します。

from matplotlib import pyplot

while True:
  fig = pyplot.figure()
  ax = fig.add_subplot(111)
  ax.plot(x,y)
  ax.legend(legendStrings, loc = 'best')
  fig.savefig('himom.png')
  # etc....
20
Mark

私もこのエラーに遭遇しました。それを修正したようです

while True:
    fig = pyplot.figure()
    ax = fig.add_subplot(111)
    ax.plot(x,y)
    ax.legend(legendStrings, loc = 'best')
    fig.savefig('himom.png')
    #new bit here
    pylab.close(fig) #where f is the figure

変動するメモリを使用してループを安定して実行していますが、一貫した増加はありません

28
ninjasmith

Ninjasmithからの回答もうまくいきました-pyplot.close()は私のループを有効にしました。

Pyplotチュートリアルから、 複数の図と軸の操作 ：

現在のFigureは clf() でクリアでき、現在の座標軸は cla() でクリアできます。このステートフル性、迷惑、絶望を見つけた場合、これはオブジェクト指向APIの薄いステートフルラッパーであり、代わりに使用できます（ を参照してください）アーティストチュートリアル ）

図の長いシーケンスを作成する場合は、もう1つ注意する必要があります。図に必要なメモリは、図が close() で明示的に閉じられるまで完全に解放されません。 =。 pyplotは内部参照を close() まで維持するため、Figureへのすべての参照を削除するか、ウィンドウマネージャーを使用して、Figureが画面に表示されているウィンドウを強制終了するだけでは不十分です。 =が呼び出されます。

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geographika