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警告! *** HDF5ライブラリバージョンの不一致エラー*** python pandas windows

私はpandas/pythonを使用して、DataFrameをHDFStore形式で保存しています。 my_data_frame.to_hdf(arguments ...)コマンドを適用すると、エラーメッセージが表示されます:警告! *** HDF5ライブラリバージョンの不一致エラー***と私のプログラムが停止します。

Python 3.5.2 :: Anaconda 4.1.1(64ビット)を使用して、Windows 7(64ビット)で作業しています。

私はこのエラーメッセージについて読んでいましたが、私のコンピューターにインストールされているHDF5のバージョンとAnacondasが使用しているバージョンとの間の問題です。 this 投稿によると、シンプルな "conda install -c anaconda hdf5 = 1.8.18"私の問題を解決できるかもしれませんが、それでも同じメッセージエラーが発生します。

助けてくれてありがとう。

ここにエラーの完全なログを入れます:

 
警告! *** HDF5ライブラリのバージョン不一致エラー*** 
このアプリケーションのコンパイルに使用されるHDF5ヘッダーファイルは、このアプリケーションのリンク先のHDF5ライブラリで使用されるバージョンと一致しません
。
アプリケーションが続行すると、データの破損またはセグメンテーションエラーが発生する可能性があります。 
アプリケーションを再コンパイルするか、 'LD_LIBRARY_PATH'などの共有ライブラリ関連の
設定を確認する必要があります。
環境を設定して、この警告を無効にすることができます
変数 'HDF5_DISABLE_VERSION_CHECK'の値を '1'に設定します。
 2以上に設定すると、警告メッセージが完全に抑制されます。
ヘッダーは1.8.15、ライブラリは1.8.18 
 HDF5構成の概要
 ================================= 
 
 Gエネラル情報:
 ------------------- 
 HDF5バージョン:1.8.18 
構成日:2017-05- 31 
構成:NMake Makefiles 
構成モード:CMAKE 3.8.0 
ホストシステム:Windows-6.3.9600 
 Uname情報:Windows 
バイトセックス:リトルエンディアン
ライブラリ:
インストールポイント:C:/ bld/hdf5_1496269860661/_b_env/Library 
 
コンパイルオプション:
- ----------------- 
コンパイルモード:RELEASE 
 Cコンパイラ:C:/ Program Files(x86)/ Microsoft Visual Studio 
 14.0/VC/bin/AMD64/cl.exe 
 CFLAGS:/ DWIN32/D_WINDOWS /W3
 H5_CFLAGS:
 AM_CFLAGS:
 CPPFLAGS:
 H5_CPPFLAGS:
 AM_CPPFLAGS:
共有Cライブラリ:YES 
静的Cライブラリ:YES 
静的にリンクされた実行ファイル:OFF 
 LDFLAGS:/machine:x64
 AM_LDFLAGS:
追加ライブラリ:C:/ bld/hdf5_1496269860661/_b_env/Library/lib/z。
 lib 
アーカイバ: 
 Ranlib:
デバッグパッケージ:
 APIトレース:オフ
 
言語:
 --------- -
 Fortran:OFF 
 Fortranコンパイラ:
 Fortran 2003コンパイラ:
 Fortranフラグ:
 H5 Fortranフラグ:
 AM Fortranフラグ:
共有Fortranライブラリy:YES 
静的Fortranライブラリ:YES 
 
 C++:ON 
 C++コンパイラ:C:/ Program Files(x86)/ Microsoft Visual Studio 
 14.0/VC/bin/AMD64/cl.exe 
 C++フラグ:/ DWIN32/D_WINDOWS/W3/GR /EHsc
 H5 C++フラグ:
 AM C++フラグ:
共有C++ライブラリ:YES 
静的C++ライブラリ:YES 
 
機能:
 --------- 
パラレルHDF5:OFF 
高レベルライブラリ:ON 
スレッドセーフ:ON 
デフォルトAPIマッピング:v18 
非推奨のパブリックシンボル:ON 
 I/Oフィルター(外部):DEFLATE 
 MPE:
直接VFD:
 dmalloc:
ファイルバッファーをクリアする書き込み前:ON 
メモリチェッカーを使用:OFF 
関数スタックトレース:OFF 
厳密なファイル形式のチェック:OFF 
最適化計測:
 
11
oso_ted

MacOSで私のために機能した唯一の手順は、virtualenvを作成することでした:

virtualenv -p python3 myenv
. myenv/bin/activate
pip3 install h5py==1.10.4 # or whichever version you want

絶対に何も機能しませんでした!

brew install hdf5が必要になる場合があります

役に立たなかったgithubの問題:

https://github.com/h5py/h5py/issues/1068

0
jtlz2

誰かがこの問題を抱えており、pipcondaなどを使用してアンインストールしてもまったく問題ない場合:私はすべての/libパスと手動で削除されたlibhdf5*ファイル、次にインストール済みhdf5 with macports

0
Brooke Polak