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conda-「R-essentials」で利用できないRパッケージをインストールする方法

すぐに使えるAnacondaインストールを使用して、Pythonを使用します。これで、このインストール内でRワールドを「インクルード」し、Jupyter/Ipythonノートブック内でIRカーネルを使用することができることを読みました。

いくつかの有名なRパッケージをインストールするコマンドを見つけました：conda install -c r r-essentials

私の初心者の質問：

R-essentialパッケージに含まれていないRパッケージをインストールするにはどうすればよいですか？たとえば、CRANで利用可能なRパッケージ。 「pip」はPyPI Pythonパッケージでのみ機能します。

pythonranacondaconda
49
Frank

これでドキュメントが見つかりました：

これは、CRANリポジトリでのみ使用可能なRパッケージを生成する方法を説明するドキュメントです。 https://www.continuum.io/content/conda-data-science

「conda Rパッケージの構築」セクションに移動します。

（ヒント：Rパッケージがanaconda.orgで利用可能な限り、このリソースを使用してください。ここを参照してください： https://www.continuum.io/blog/developer/jupyter-and-conda-r ）

alistaireの答えは、Rパッケージを追加する別の可能性です：

通常のinstall.packages（CRANミラーから）またはdevtools::install_github（GitHubから）を使用してRの内部からパッケージをインストールする場合、それらは正常に動作します。 @alistaire

これを行う方法：（独立した）Rインストールを開き、次のコマンドを実行します：

install.packages("png", "/home/user/anaconda3/lib/R/library")

jupyterが使用する正しいRライブラリに新しいパッケージを追加します。そうしないと、パッケージは。libPathsで言及されている/home/user/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.2/png/libsにインストールされます（）。

31
Frank

R-essentials以外のJupyterに他のRパッケージをインストールするには

install.packages('readr', repos='http://cran.us.r-project.org')

1つの問題は、特定のリポジトリがUS.R-Projectであることです（以下を参照）。私は他の人を試しましたが、うまくいきませんでした。

N.B. readrを、インストールする任意のパッケージ名に置き換えます。

24
Yaw

これがコンダ中心の答えです。それはフランクの答えと連続ウェブサイトに基づいています： https://www.continuum.io/content/conda-data-science もう少し詳細。

R-essentialsで利用できないパッケージの中には、condaチャンネルでまだ利用可能なものがあります。その場合、簡単です：

conda config --add channels r
conda install r-readxl

Condaを使用してパッケージをビルドしてインストールする必要がある場合：

conda skeleton cran r-xgboost
conda build r-xgboost
conda install --use-local r-xgboost

彼らはそれが最初にanacondaリポジトリに公開されると仮定するため、その最後の行は連続体のウェブサイトにありません。これがないと、envs /ディレクトリに何も配置されず、コマンドラインRまたはJupyterがパッケージにアクセスできなくなります。

Macでは、パッケージビルド用にClangコンパイラをインストールすることが重要であることがわかりました。

conda install clangxx_oxs-64
11
Ziggy Eunicien

簡単な回避策を見つけました。 R用のRStudio IDEを持っていると思います。そのためにRStudioを使用するのは奇妙ですが、端末でRから直接試してみましたが、うまくいきませんでした。そのため、RStudioコンソールで、通常のようにanacondaディレクトリにパスを追加します（OSXで、 '/ Users/yourusernamehere/anaconda/lib/R/library'）。

たとえば、

install.packages('package','/Users/yourusernamehere/anaconda/lib/R/library')

私はそのような非空想的な答えを投稿することを恥ずかしく思いますが、それは私のために働いた唯一のものです。

11
Deninhos

ここに追加することで、すでにPythonでJupyterノートブックを使用していて、Rで使用することに興味がある他の初心者：Anacondaで利用可能な追加パッケージを、必要なパッケージをインストールするのと同じコマンドを使用してターミナル経由でインストールできます。

R-essentialsをインストールする

conda install -c r r-essentials

マイクロベンチマークをインストールします（R式の実行時間を正確に測定および比較するためのインフラストラクチャ）

conda install -c r r-microbenchmark
2
A. Beal

R-essentialsのcondaでinstall_github("user/package")を使用してgithubからパッケージをインストールしようとしたときに問題が発生しました。エラーは複数あり、説明的ではありません。

次の手順を使用して問題を解決できました。

  • パッケージをローカルでダウンロードして解凍します
  • 正しいconda環境をアクティブにします（必要な場合）
  • コマンドラインからRを実行
  • library(devtools)
  • install('/path/to/unzipped-package')
  • 依存関係が欠落しているためコマンドは失敗しましたが、何が欠落しているかがわかりました！
  • すべての依存関係に対してinstall.packages('missing-package', repos='http://cran.us.r-project.org')を実行します
  • install('/path/to/unzipped-package')を再度実行します。これで動作するはずです！
2
volodymyr

Condaでrpy2をインストールし、Jupyterノートブックに次の行を追加します。

%load_ext rpy2.ipython

次のチャンクでは、％Rを指定するだけで、任意のrコードを実行できます。

以下は、rパッケージをインストールおよび/またはロードする私のお気に入りの方法です

%R if (!require("pacman")) install.packages("pacman")
%R pacman::p_load(dplyr, data.table, package3, package4)

p_load引数はinstall + loadパッケージlibにない場合それ以外の場合は単にロードします。

1
Pranav Pandya

ある人は、その周りにそれほどエレガントではない方法を提案しましたが、それが機能する限りエレガントです。

install.packages（ 'package'、 '/ Users/yourusernamehere/anaconda/lib/R/library'）

私はこの問題に対する答えを探すためにほぼ朝を過ごしました。ライブラリをRStudioにインストールすることはできましたが、Jupyter Notebookにはインストールできませんでした（Rの異なるバージョンがあります）上記のソリューションは「ほぼ」機能しました。どのディレクトリを報告します。だから私はそれを変えただけで、それは魅力として働いた... Dninhosのおかげで

1
rojour

コマンドラインからCRANパッケージをインストールするには：

R --slave -e "install.packages('missing-package', repos='http://cran.us.r-project.org')"
0
Alf Eaton