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dockerでconda環境をアクティブ化

Dockerで環境をアクティブにして、この環境でコマンドを実行する必要があります。環境を作成しましたが、この環境をアクティブにして、次のようにコマンドを実行しようとしています。

CMD [ "source activate mro_env && ipython kernel install --user --name=mro_env" ]

しかし、ドッカーを実行するとエラーが発生します：

[FATAL tini (8)] exec source activate mro_env && ipython kernel install 
--user --name=mro_env failed: No such file or directory

これはDockerfile全体です：

FROM continuumio/miniconda3

ADD /src/mro_env.yml /src/mro_env.yml
RUN conda env create -f /src/mro_env.yml

# Pull the environment name out of the mro_env.yml
RUN echo "source activate $(head -1 /src/mro_env.yml | cut -d' ' -f2)" > ~/.bashrc
ENV PATH /opt/conda/envs/$(head -1 /src/mro_env.yml | cut -d' ' -f2)/bin:$PATH

CMD [ "source activate mro_env && ipython kernel install --user --name=mro_env" ]
pythondockeranacondaconda
3
יהב פסטינגר

CONDA_DEFAULT_ENVを設定できます

このような：

FROM continuumio/miniconda3

ARG conda_env=mro_env

ADD /src/environment.yml /src/environment.yml
RUN conda env create -f /src/environment.yml

ENV PATH /opt/conda/envs/$conda_env/bin:$PATH
ENV CONDA_DEFAULT_ENV $conda_env

CMD [ "python", "test.py" ]

更新：

アクティブ化を使用することをお勧めします。私のために働く：

FROM continuumio/miniconda3

ADD /src/environment.yml /src/environment.yml

RUN conda env create -f /src/environment.yml
ENV PATH /opt/conda/envs/mro_env/bin:$PATH
RUN /bin/bash -c "source activate mro_env"

CMD [ "python", "test.py" ]
3
Sergey Kuznetsov

これに従って tutorial と動作しました。 Dockerfileの例：

FROM continuumio/miniconda
WORKDIR /usr/src/app
COPY ./ ./
RUN conda env create -f environment.yml

# Make RUN commands use the new environment:
Shell ["conda", "run", "-n", "myenv", "/bin/bash", "-c"]

EXPOSE 5003
# The code to run when container is started:
ENTRYPOINT ["conda", "run", "-n", "myenv", "python3", "src/server.py"]
1
SadSeven