Phyton 2.7.5のnumpyとscipyをインストールしようとするのはうんざりです。クラスのインストールが最終目標なので、pythonのこのバージョンが必要です( http://class-code.net / )およびmontepython( http://montepython.net/ )。
(ubuntu 12.04があります)
Numpyまたはscipyをインポートしようとすると、毎回次のエラーが発生します:
$ phyton2.7
>>> import numpy
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/__init__.py", line 137, in <module>
import add_newdocs
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/add_newdocs.py", line 9, in <module>
from numpy.lib import add_newdoc
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/lib/__init__.py", line 4, in <module>
from type_check import *
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/lib/type_check.py", line 8, in <module>
import numpy.core.numeric as _nx
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/core/__init__.py", line 5, in <module>
import multiarray
ImportError: /usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/core/multiarray.so: undefined symbol: PyUnicodeUCS4_AsUnicodeEscapeString
>> import scipy
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/scipy/__init__.py", line 78, in <module>
from numpy import show_config as show_numpy_config
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/__init__.py", line 137, in <module>
import add_newdocs
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/add_newdocs.py", line 9, in <module>
from numpy.lib import add_newdoc
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/lib/__init__.py", line 4, in <module>
from type_check import *
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/lib/type_check.py", line 8, in <module>
import numpy.core.numeric as _nx
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/core/__init__.py", line 5, in <module>
import multiarray
ImportError: /usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/core/multiarray.so: undefined symbol: PyUnicodeUCS4_AsUnicodeEscapeString
私が試したエラーを取り除くために:
$ Sudo apt-get install build-essential python-dev gfortran
$ Sudo apt-get install python-numpy python-scipy python-matplotlib ipython ipython-notebook python-pandas python-sympy python-nose
$ Sudo pip install requests
$ Sudo pip install numpy
および$ Sudo pip install scipy
export PYTHONPATH=/usr/lib/python2.7/dist-packages:${PYTHONPATH}
numpyとscipy(以前のubuntuバージョン10.xで)を最後にインストールしたとき、これはうまくいきました。Sudo sh -c "wget http://python-distribute.org/distribute_setup.py -O- | python"
Sudo sh -c "wget https://raw.github.com/pypa/pip/master/contrib/get-pip.py -O- | python"
そして、(4)のように両方をpipでインストールします
しかし、python-distribute.orgのサーバーはダウンしているようです。次のエラーが表示されました。
http://python-distribute.org/distribute_setup.py
Resolving python-distribute.org (python-distribute.org)... failed: Name or service not known.
wget: unable to resolve Host address `python-distribute.org'
また、シナプスおよびUbuntuソフトウェアセンターからnumpyとscipyをインストールしようとしました
私はこの試みのそれぞれに失敗しましたが、今はどうすればいいのかわかりません。何か不足していますか? numpyとscipyをPythonに正しくインストールするにはどうすればよいですか?どんなアイデアでも大歓迎です。
私がする時
echo $PYTHONPATH
私は得る
/usr/lib/python2.7/dist-packages
OK、 インストールガイド に従ってください。
python 2.7(既に持っている)が必要だと書かれています:
$ python --version
Python 2.7.4
次に、numpyパッケージも必要であると言われています、バージョン> = 1.4.1:
apt-cacheポリシーpython-numpy python-numpy: インストール済み:(なし) 候補:1:1.7.1-1ubuntu1 バージョン表: 1:1.7.1-1ubuntu1 0 500 http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ raring/main AMD64パッケージ
ご覧のとおり、numpyバージョン1.7.1が利用できるので、インストールを続行します。
Sudo apt-get install python-numpy
さて、cythonが必要だと言っています。そのパッケージが利用可能かどうかを確認しましょう:
apt-cacheポリシーcython cython: Installed:(none) Candidate:0.17.4-0ubuntu1 Version table: 0.17.4 -0ubuntu1 0 500 http://archive.ubuntu.com/ubuntu/ raring/main AMD64パッケージ
持っています、インストールします:
Sudo apt-get install cython
依存関係の他のパッケージもインストールされていることに注意してください。
奇妙なことに、scipyモジュールも必要です。
Sudo apt-get install python-scipy
テスト。ターミナルでpythonを開き、次を入力します。
$ python
Python 2.7.4 (default, Sep 26 2013, 03:20:26)
[GCC 4.7.3] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import numpy
>>> import scipy
>>> import cython
>>> exit()
上記はエラーなしでなければなりません。何か問題が発生した場合は、上に行ってガイドをもう一度読んでください。ステップを忘れた/スキップしました。
ページからCLASSソースをダウンロードし、ターミナルのディレクトリに移動し、それを展開して作成します。
cd where/the/tar/is tar zxf class_v2.0.2.tar.gz cd class_v2.0.2 make
ここで、完了するまで待機します。これが完了したら、pythonディレクトリに移動して、マジックを開始します。ディレクトリから移動せずにこれを実行します:
cd python python setup.py build python setup.py install --user
これで、ユーザーディレクトリにCLASSがインストールされました。テストする必要があります!
python
Python 2.7.4 (default, Sep 26 2013, 03:20:26)
[GCC 4.7.3] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> from classy import Class
>>> exit()
ここまではすべてがすてきです。
真実の時間、コードディレクトリにmonthypython tarballをダウンロードします。
cd〜 mkdir code cd code wget https://www.dropbox.com/s/l7mnhwsktp1m8b5/montepython_v1.2.5.tar.bz2?dl=1 -O montepython_v1 .2.5.tar.bz2 tar jxf montepython_v1.2.5.tar.bz2
インストール手順では いくつかの注意事項 これはこの特殊なケース(新規インストール)には関係ありませんが、montepythonを更新するときに重要になる場合があります。
この変更は重要です。 CLASSをインストールした場所を覚えていますか?ここで、Monte Pythonを教えてください。私の場合、それは/home/braiam/src/class_v2.0.2/class
です。あなたのものとは異なるかもしれません。 find
を使用して検索できます。
find ~ -name class -print
さて、私はあなたが好きなものを使ってdefault.conf
ファイルを変更し(nanoを使用します)、root
パスを変更するので、完全なファイルは次のようになります:
# Fill in the relevant path to your personal distribution.
# If you create a new file out of this one, please remember to call
# MontePython.py with the option '-conf my.conf'
# At minimum, this file should contain one line:
# ** path['cosmo'] = path to the cosmological code you are using. Note, if you are
# using a modified version of class, be sure that the path contains the Word
# class, otherwise the code might not recognise it.
# If you want to use a data folder different from the one present in the folder
# you are executing the code, please also add:
# ** path['data'] = /path/to/the/other/data/
root = '/home/braiam/src/class_v2.0.2/'
path['cosmo'] = root+'/class/'
ファイルを保存して終了します。
モンテパイソンをテストしてください!すべてが正常であれば、montepythongディレクトリでcode/MontePython.py --help
を実行でき、すべてが実行されるはずです。
〜/ src/montepython $ code/MontePython.py --help usage:MontePython.py [-h] [-N number steps] [-o output folder] [-p input param file] [-c input cov matrix] [-j jumping method] [-f jumping factor] [-conf configuration file] [-chain_number chain number] [ -rチェーンから再起動] [-bf最適なファイルから再起動] [-info [目的のファイルの情報を計算[目的のファイルの情報を計算...]]] [-bins desiredビンの数、デフォルトは20] [-no_mean] [-comp比較フォルダー] [カスタムニーズの追加プロットファイル] [-noplot] [-all] [-ext出力ファイルの拡張子を変更] [-fontsize希望のフォントサイズ、デフォルトは15] [-ticksize希望のティックサイズ、デフォルトは13] Monte Python、Pのモンテカルロコードython optional arguments: -h、--helpこのヘルプメッセージを表示して終了 -Nステップ数 -o出力フォルダー -p入力パラメーターファイル -c入力covマトリックス -jジャンプ方法 -fジャンプ係数 -conf構成ファイル -chain_numberチェーン番号 -rチェーンからの再起動 -bf最適なファイルからの再起動 -info [目的のファイルの情報を計算[目的のファイルの情報を計算... ]] -bins希望するビン数、デフォルトは20 -no_mean -comp比較フォルダー -カスタムニーズ用の追加プロットファイル -noplot -all -ext出力ファイルの拡張子の変更 -fontsize希望のフォントサイズ、デフォルトは15 -ticksize希望のティックサイズ、デフォルトは13
これで、montepythonがインストールされ、ロールする準備ができました!