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numpy用のlapackのインストール

Ubuntu 11.10 + python2.7を実行しています...ソースからnumpyをビルドしてインストールしましたが、インストールしようとすると、

ImportError: /usr/lib/liblapack.so.3gf: undefined symbol: ATL_chemv

numpy.linalgからlapack_liteをインポートしようとしたとき。私は最初からラパックを再構築しようとしましたが、それはちょうど作るようです

/usr/local/lib/libblas.a
/usr/local/lib/liblapack.a
/usr/local/lib/libtmglib.a

および.soファイル。 .so.3gfはどこから来たのですか、そしてどのように修正しますか？

pythonnumpyinstallationlapack
30
Richard Żak

私は同じ問題を抱えていて、パッケージlibopenblas-baseを削除するとうまくいきました：

Sudo apt-get remove libopenblas-base

他の人がすでに説明したように、いくつかのパッケージはliblapack.so.3gfの互換性のないバージョンを提供します。

61
soramimo

私が見ているいくつかのバグレポートによると、ATLASやOpenBLAS/GotoBLASのように、競合するBLAS/ATLAS/LAPACKのプロバイダーが複数インストールされている可能性があります。これを見てください：

$ ls -l /etc/alternatives/*.so.3gf

そして、それらすべてが同じパッケージに対応していることを確認します（たとえば、それらはすべて/usr/lib/atlas-base/）

9
Ricardo Cárdenes

この問題は、libopenblas-baseおよびlibatlas3-baseがインストールされているが、liblapackがインストールされていない場合に発生します。このパッケージの組み合わせにより、競合するバージョンのlibblas.so（OpenBLASから）およびliblapack.so（ATLASから）がインストールされます。

解決策1（私のお気に入り）：liblapackもインストールすると、OpenBLASとATLASの両方をマシンに保持できます。

Sudo apt-get install liblapack3

解決策2：ATLASをアンインストールします（これにより、実際にはliblapackが自動的にインストールされます。これは、debパッケージの悪意があるためです）。

Sudo apt-get uninstall libatlas3-base

解決策3：OpenBLASをアンインストールする

Sudo apt-get uninstall libopenblas-base

悪い設定

$ dpkg -l | grep 'openblas\|atlas\|lapack'
ii  libatlas3-base                                        3.10.1-4                                            AMD64        Automatically Tuned Linear Algebra Software, generic shared
ii  libopenblas-base                                      0.2.8-6ubuntu1                                      AMD64        Optimized BLAS (linear algebra) library based on GotoBLAS2
$ update-alternatives --get-selections | grep 'blas\|lapack'
libblas.so.3                   auto     /usr/lib/openblas-base/libblas.so.3
liblapack.so.3                 auto     /usr/lib/atlas-base/atlas/liblapack.so.3
$ python -c 'import numpy'
Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/__init__.py", line 153, in <module>
    from . import add_newdocs
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/add_newdocs.py", line 13, in <module>
    from numpy.lib import add_newdoc
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/lib/__init__.py", line 18, in <module>
    from .polynomial import *
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/lib/polynomial.py", line 19, in <module>
    from numpy.linalg import eigvals, lstsq, inv
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/linalg/__init__.py", line 50, in <module>
    from .linalg import *
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/linalg/linalg.py", line 29, in <module>
    from numpy.linalg import lapack_lite, _umath_linalg
ImportError: /usr/lib/liblapack.so.3: undefined symbol: ATL_chemv

解決策1

$ dpkg -l | grep 'openblas\|atlas\|lapack'
ii  libatlas3-base                                        3.10.1-4                                            AMD64        Automatically Tuned Linear Algebra Software, generic shared
ii  liblapack3                                            3.5.0-2ubuntu1                                      AMD64        Library of linear algebra routines 3 - shared version
ii  libopenblas-base                                      0.2.8-6ubuntu1                                      AMD64        Optimized BLAS (linear algebra) library based on GotoBLAS2
$ update-alternatives --get-selections | grep 'blas\|lapack'
libblas.so.3                   auto     /usr/lib/openblas-base/libblas.so.3
liblapack.so.3                 auto     /usr/lib/lapack/liblapack.so.3
$ python -c 'import numpy'

解決策2

$ dpkg -l | grep 'openblas\|atlas\|lapack'
ii  liblapack3                                            3.5.0-2ubuntu1                                      AMD64        Library of linear algebra routines 3 - shared version
ii  libopenblas-base                                      0.2.8-6ubuntu1                                      AMD64        Optimized BLAS (linear algebra) library based on GotoBLAS2
$ update-alternatives --get-selections | grep 'blas\|lapack'
libblas.so.3                   auto     /usr/lib/openblas-base/libblas.so.3
liblapack.so.3                 auto     /usr/lib/lapack/liblapack.so.3
$ python -c 'import numpy'

解決策3

$ dpkg -l | grep 'openblas\|atlas\|lapack'
ii  libatlas3-base                                        3.10.1-4                                            AMD64        Automatically Tuned Linear Algebra Software, generic shared
$ update-alternatives --get-selections | grep 'blas\|lapack'
libblas.so.3                   auto     /usr/lib/atlas-base/atlas/libblas.so.3
liblapack.so.3                 auto     /usr/lib/atlas-base/atlas/liblapack.so.3
$ python -c 'import numpy'
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Luke Yeager

LD_LIBRARY_PATHを確認してください。 numpy呼び出しに必要なシンボルをサポートしない、そのライブラリの別のバージョンをそこにポイントするかもしれません。 Macでも同じ状況でした。

ただし、1つのライブラリがLD_LIBRARY_PATHを使用して次のライブラリにリンクする可能性があるため、問題が直接見えない可能性があることに注意してください。

LD_LIBRARY_PATHが設定されている場合と設定されていない場合（アクティブなシェルから一時的に削除する場合：LD_LIBRARY_PATHの設定を解除する）のコマンドに違いがあるかどうかを確認できます。

ldd /usr/lib/liblapack.so.3gf

私の場合、ISISソフトウェアシステムによって提供されるライブラリが、numpyが必要とするオンボードライブラリと衝突しました。

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K.-Michael Aye