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OMP:エラー#15:libiomp5.dylibを初期化していますが、libiomp5.dylibがすでに初期化されていることがわかりました

テストプログラムを実行して、Anaconda環境が正しく構成されているかどうかを確認しようとしています。ただし、テストプログラムを実行すると、プログラムがグラフを設定しているときに次のエラーメッセージが表示されます(正確にはon_train_end()コールバック)。

OMP:エラー#15:libiomp5.dylibを初期化していますが、libiomp5.dylibがすでに初期化されていることがわかりました。 OMP:ヒントこれは、パフォーマンスを低下させたり、誤った結果を引き起こしたりする可能性があるため、OpenMPランタイムの複数のコピーが存在することを意味します。最善の方法は、単一のOpenMPランタイムのみがプロセスにリンクされていることを確認することです。ライブラリ内のOpenMPランタイムの静的リンクを回避する。安全でない、サポートされていない、文書化されていない回避策として、環境変数KMP_DUPLICATE_LIB_OK = TRUEを設定して、プログラムの実行を継続できるようにすることができますが、クラッシュが発生したり、サイレントに誤った結果が生成されたりする可能性があります。詳細については、 http://www.intel.com/software/products/support/ を参照してください。

MacOS Mojave10.14.1がインストールされているMacBookPro 15 "2015でテストプログラムを実行しています。現在インストールしているAnacondaディストリビューションは https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda2 -5.3.0-MacOSX-x86_64.sh

テストプログラムは次のとおりです。

#!/usr/bin/env python

import numpy as np
import tensorflow as tf
import matplotlib.pyplot as plt

from tensorflow import keras

Xs = np.array([
    [0, 0],
    [0, 1],
    [1, 1],
    [1, 0]
])

Ys = np.array([
    [0],
    [1],
    [0],
    [1]
])

class MyCallback(keras.callbacks.Callback):
    def __init__(self):
        super(MyCallback, self).__init__()
        self.stats = []

    def on_Epoch_end(self, Epoch, logs=None):
        self.stats.append({
            'loss': logs['loss'],
            'acc': logs['acc'],
            'Epoch': Epoch
        })

    def on_train_end(self, logs=None):
        loss_x = []
        loss_y = []
        acc_x = []
        acc_y = []
        for e in self.stats:
            loss_x.append(e['Epoch'])
            loss_y.append(e['loss'])
            acc_x.append(e['Epoch'])
            acc_y.append(e['acc'])
        plt.plot(loss_x, loss_y, 'r', label='Loss')
        plt.plot(acc_x, acc_y, 'b', label='Accuracy')
        plt.xlabel('Epochs')
        plt.ylabel('Loss / Accuracy')
        plt.legend(loc='upper left')
        plt.show()

with tf.Session() as session:
    model = keras.models.Sequential()

    model.add(keras.layers.Dense(10, activation=keras.activations.elu, input_dim=2))
    model.add(keras.layers.Dense(1, activation=keras.activations.sigmoid))

    model.compile(optimizer=keras.optimizers.Adam(lr=0.05),
                  loss=keras.losses.mean_squared_error,
                  metrics=['accuracy'])

    model.fit(x=Xs, y=Ys, batch_size=4, epochs=50, callbacks=[MyCallback()])

    print("Training complete")

    loss, acc = model.evaluate(Xs, Ys)

    print(f"loss: {loss} - acc: {acc}")

    predictions = model.predict(Xs)

    print("predictions")
    print(predictions)

this 関連の質問の answer を参照して問題を修正しようとしました。したがって、importセクションの後に次のコード行を追加します。

import os
os.environ['KMP_DUPLICATE_LIB_OK'] = 'True'

私が得るのは別のエラーメッセージです、これは完全なスタックトレースです:

2018-12-06 10:18:34.262 python[19319:371282] -[NSApplication _setup:]: unrecognized selector sent to instance 0x7ff2b07a3d00
2018-12-06 10:18:34.266 python[19319:371282] *** Terminating app due to uncaught exception 'NSInvalidArgumentException', reason: '-[NSApplication _setup:]: unrecognized selector sent to instance 0x7ff2b07a3d00'
*** First throw call stack:
(
        0   CoreFoundation                      0x00007fff2ccf0e65 __exceptionPreprocess + 256
        1   libobjc.A.dylib                     0x00007fff58d47720 objc_exception_throw + 48
        2   CoreFoundation                      0x00007fff2cd6e22d -[NSObject(NSObject) __retain_OA] + 0
        3   CoreFoundation                      0x00007fff2cc92820 ___forwarding___ + 1486
        4   CoreFoundation                      0x00007fff2cc921c8 _CF_forwarding_prep_0 + 120
        5   libtk8.6.dylib                      0x0000000b36aeb31d TkpInit + 413
        6   libtk8.6.dylib                      0x0000000b36a4317e Initialize + 2622
        7   _tkinter.cpython-36m-darwin.so      0x0000000b3686ba16 _tkinter_create + 1174
        8   python                              0x000000010571c088 _PyCFunction_FastCallDict + 200
        9   python                              0x00000001057f2f4f call_function + 143
        10  python                              0x00000001057f0abf _PyEval_EvalFrameDefault + 46847
        11  python                              0x00000001057e4209 _PyEval_EvalCodeWithName + 425
        12  python                              0x00000001057f3b1c _PyFunction_FastCallDict + 364
        13  python                              0x000000010569a8b0 _PyObject_FastCallDict + 320
        14  python                              0x00000001056c1fe8 method_call + 136
        15  python                              0x00000001056a1efe PyObject_Call + 62
        16  python                              0x0000000105743385 slot_tp_init + 117
        17  python                              0x00000001057478c1 type_call + 241
        18  python                              0x000000010569a821 _PyObject_FastCallDict + 177
        19  python                              0x00000001056a2a67 _PyObject_FastCallKeywords + 327
        20  python                              0x00000001057f3048 call_function + 392
        21  python                              0x00000001057f0b6f _PyEval_EvalFrameDefault + 47023
        22  python                              0x00000001057f330c fast_function + 188
        23  python                              0x00000001057f2fac call_function + 236
        24  python                              0x00000001057f0abf _PyEval_EvalFrameDefault + 46847
        25  python                              0x00000001057e4209 _PyEval_EvalCodeWithName + 425
        26  python                              0x00000001057f3b1c _PyFunction_FastCallDict + 364
        27  python                              0x000000010569a8b0 _PyObject_FastCallDict + 320
        28  python                              0x00000001056c1fe8 method_call + 136
        29  python                              0x00000001056a1efe PyObject_Call + 62
        30  python                              0x00000001057f0cc0 _PyEval_EvalFrameDefault + 47360
        31  python                              0x00000001057e4209 _PyEval_EvalCodeWithName + 425
        32  python                              0x00000001057f33ba fast_function + 362
        33  python                              0x00000001057f2fac call_function + 236
        34  python                              0x00000001057f0abf _PyEval_EvalFrameDefault + 46847
        35  python                              0x00000001057f330c fast_function + 188
        36  python                              0x00000001057f2fac call_function + 236
        37  python                              0x00000001057f0abf _PyEval_EvalFrameDefault + 46847
        38  python                              0x00000001057e4209 _PyEval_EvalCodeWithName + 425
        39  python                              0x00000001057f33ba fast_function + 362
        40  python                              0x00000001057f2fac call_function + 236
        41  python                              0x00000001057f0abf _PyEval_EvalFrameDefault + 46847
        42  python                              0x00000001057e4209 _PyEval_EvalCodeWithName + 425
        43  python                              0x00000001057f33ba fast_function + 362
        44  python                              0x00000001057f2fac call_function + 236
        45  python                              0x00000001057f0b6f _PyEval_EvalFrameDefault + 47023
        46  python                              0x00000001057e4209 _PyEval_EvalCodeWithName + 425
        47  python                              0x00000001057f33ba fast_function + 362
        48  python                              0x00000001057f2fac call_function + 236
        49  python                              0x00000001057f0abf _PyEval_EvalFrameDefault + 46847
        50  python                              0x00000001057e4209 _PyEval_EvalCodeWithName + 425
        51  python                              0x00000001057f33ba fast_function + 362
        52  python                              0x00000001057f2fac call_function + 236
        53  python                              0x00000001057f0abf _PyEval_EvalFrameDefault + 46847
        54  python                              0x00000001057e4209 _PyEval_EvalCodeWithName + 425
        55  python                              0x00000001057f33ba fast_function + 362
        56  python                              0x00000001057f2fac call_function + 236
        57  python                              0x00000001057f0b6f _PyEval_EvalFrameDefault + 47023
        58  python                              0x00000001057e4209 _PyEval_EvalCodeWithName + 425
        59  python                              0x00000001057f33ba fast_function + 362
        60  python                              0x00000001057f2fac call_function + 236
        61  python                              0x00000001057f0b6f _PyEval_EvalFrameDefault + 47023
        62  python                              0x00000001057e4209 _PyEval_EvalCodeWithName + 425
        63  python                              0x000000010583cd4c PyRun_FileExFlags + 252
        64  python                              0x000000010583c224 PyRun_SimpleFileExFlags + 372
        65  python                              0x0000000105862d66 Py_Main + 3734
        66  python                              0x0000000105692929 main + 313
        67  libdyld.dylib                       0x00007fff59e1608d start + 1
        68  ???                                 0x0000000000000002 0x0 + 2
)
libc++abi.dylib: terminating with uncaught exception of type NSException

これは、環境にインストールされている関連する依存関係のリストです(簡潔にするために関連する依存関係は省略されていません)。

Name                |     Version                      Build
--------------------|----------------|----------------------
_tflow_select       |     2.3.0      |                   mkl
blas                |     1.0        |                   mkl
intel-openmp        |     2019.1     |                   144
matplotlib          |     3.0.1      |        py36h54f8f79_0
mkl                 |     2018.0.3   |                     1
mkl_fft             |     1.0.6      |        py36hb8a8100_0
mkl_random          |     1.0.1      |        py36h5d10147_1
numpy               |     1.15.4     |        py36h6a91979_0
numpy-base          |     1.15.4     |        py36h8a80b8c_0
tensorboard         |     1.12.0     |        py36hdc36e2c_0
tensorflow          |     1.12.0     |    mkl_py36h2b2bbaf_0
tensorflow-base     |     1.12.0     |    mkl_py36h70e0e9a_0
6
Mattia Vandi

ほとんどの場合、これで問題が解決します。

conda install nomkl
3
Agile Bean

私は同様の経験をしました、そして他の場所に投稿された解決策は私のために物事を修正していませんでした。最終的に、matplotlibのバージョンをダウングレードすることで、ブロックが解除されました。つまり、conda install matplotlib=2.2.3

1
gusto