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pip installは「コマンド "python setup.py Egg_info"がエラーコード1で失敗しました」と表示します

Ubuntu 16.04にpythonパッケージrpy2をpipインストールでインストールしようとしています。

pip install rpy2==2.2.7

ただし、エラーメッセージが表示されます（以下の完全な出力を参照）。

Command "python setup.py Egg_info" failed with error code 1 in /tmp/pip-build-EuOI6K/unroll/

pip install unrollやpip2のような他のパッケージでも同じことが起こります。これは post と同じ問題だと思いましたが、そこではSudoを使用することで解決されます。

試したソリューション

私はこれで解決しようとしました post のように、pip install --upgrade setuptools、(Sudo) easy_install -U setuptools、またはSudo apt-get install python-setuptoolsのようですが、役に立ちません。

python/pip情報

誰かが私が奇妙なpython/pipをインストールしているかもしれないと提案しました、ここにいくつかの情報があります：

Sudo which python pip pip2 | xargs -rd '\n' readlink -f 
/usr/bin/python2.7   
/usr/local/bin/pip  
/usr/local/bin/pip2  

Sudo python --version   
Python 2.7.12  

Sudo pip --version  
pip 9.0.1 from /home/matifou/.local/lib/python2.7/site-packages (python 2.7)  
/usr/bin/pip2 --version  
pip 8.1.1 from /usr/lib/python2.7/dist-packages (python 2.7)

ls -l $(which pip); dpkg -S /usr/bin/pip
-rwxr-xr-x 1 root root 204 Nov  8 16:24 /usr/local/bin/pip
python-pip: /usr/bin/pip

完全なエラー出力

pip install rpy2 == 2.2.7 
収集rpy2 == 2.2.7キャッシュrpy2-2.2.7.ta​​r.gzの使用
コマンドpython setup.pyからの完全な出力Egg_info：
実行中のEgg_info 
 pip-Egg-info/rpy2.Egg-info 
の作成pip-Egg-info/rpy2.Egg-info/PKG-INFO [.____の書き込み。] pip-Egg-info/rpy2.Egg-info/top_level.txt 
にトップレベルの名前を書き込むpip-Egg-info/rpy2.Egg-info/dependency_links.txt [.____。にdependency_linksを書き込む]書き込みマニフェストファイル 'pip-Egg-info/rpy2.Egg-info/SOURCES.txt' 
トレースバック（最後の最後の呼び出し）：
ファイル ""、1行目、
ファイル "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py"、行462、
 [os.path.join（ 'doc'、 'source'、 'rpy2_logo.png'） ]）]、
 File "/usr/lib/python2.7/distutils/core.py"、151行目、setup 
 dist.run_commands（）
 File"/usr/lib/python2.7/distutils/dist.py "、行953、run_commands 
 self.run_command（cmd）
 Fil e "/usr/lib/python2.7/distutils/dist.py"、行972、run_command 
 cmd_obj.run（）
 File "/usr/local/lib/python2.7 /dist-packages/setuptools/command/Egg_info.py",
line 280、in 
 self.find_sources（）
 File "/ usr/local/lib/python2 7/dist-packages/setuptools/command/Egg_info.py "、
 line 295、find_sources 
 mm.run（）
 File"/usr/local/lib/python2 .7/dist-packages/setuptools/command/Egg_info.py "、
 line 526、in run 
 self.add_defaults（）
 File"/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/Egg_info.py "、
 line 562、add_defaults 
 sdist.add_defaults（self）
 File"/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/py36compat.py "、
行36、add_defaults 
 self._add_defaults_ext（）
 File"/usr/local /lib/python2.7/dist-packages/setuptools/command/py36compat.py",
119行目、_add_defaults_ ext 
 build_ext = self.get_finalized_command（ 'build_ext'）
 get_finalized_command 
 cmd_objのファイル "/usr/lib/python2.7/distutils/cmd.py"、312行目.ensure_finalized（）
ファイル「/usr/lib/python2.7/distutils/cmd.py」、109行目、ensure_finalized 
 self.finalize_options（）
 File "/ tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py」、155行目、finalize_options 
 config + = get_rconfig（r_home、about）
 File "/ tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py」、319行目、get_rconfig 
 rc = RConfig.from_string（rconfig、allow_empty = allow_empty）
 File "/tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2/setup.py "、279行目、from_string 
 + '\ nin string\n' + string）
 ValueError：無効なサブストリング
 -fopenmp 
 in string 
 -Wl、-export-dynamic -fopenmp -Wl、-Bsymbolic-functions -Wl、-z、relro -L/usr/lib/R/lib -lR -lpcre -llzma -lbz2 -lz -lrt -ldl- lm 
 
 Command "pyt hon setup.py Egg_info」は、/ tmp/pip-build-EkrbmM/rpy2 /

 pip install unroll 
キャッシュアンロール-0.1.0を使用してアンロールを収集するエラーコード1で失敗しました.tar.gz 
コマンドpython setup.py Egg_info：
からの完全な出力http://pypi.python.org/packages/source/d/distribute/distributeのダウンロード-0.6.14.tar.gz 
トレースバック（最新のコールラスト）：
ファイル ""、1行目、
ファイル "/ tmp/pip-build-QimGjp/unroll/setup.py "、2行目
 ez_setup.use_setuptools（）
ファイル" /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py"、145行目、use_setuptools 
でreturn _do_download（version、download_base、to_dir、download_delay）
ファイル「/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py」、124行目_do_download 
 to_dir、download_delay）
ファイル「/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/ez_setup.py」、193行目、download_setuptools 
 src = urlopen （url）[.___ _。]ファイル "/usr/lib/python2.7/urllib2.py"、154行目、urlopen 
 return opener.open（url、data、timeout）
 File"/usr/lib/python2.7/urllib2.py "、行435、open 
 response = meth（req、response）
 File" /usr/lib/python2.7/urllib2.py "、 548行目、http_response 
 'http'、リクエスト、レスポンス、コード、msg、hdrs）
ファイル "/usr/lib/python2.7/urllib2.py"、473行目、エラー
 return self._call_chain（* args）
ファイル「/usr/lib/python2.7/urllib2.py」、行407、_call_chain 
 result = func（* args ）
ファイル "/usr/lib/python2.7/urllib2.py"、556行目、http_error_default 
 raise HTTPError（req.get_full_url（）、code、msg、hdrs、fp）
 urllib2.HTTPError：HTTPエラー403：SSLが必要です
 
コマンド「python setup.py Egg_info」は、tmp/pip-
 build-のエラーコード1で失敗しましたQimGjp/unroll /
pythonpython-2.7pip
10
Matifou

setuptoolsを使用してpipをアップグレードします

Ubuntu 16.04 LTSのパッケージリポジトリにあるpython-setuptoolsのバージョンは期限切れ/メンテナンスなしパッケージマネージャーに依存する代わりにpipでアップグレードします。

$ Sudo pip install --upgrade setuptools
3
Serge Stroobandt

私は自分の質問に答えました：提案された答えは問題を解決しなかったので、最終的にcondaを使用して、必要なパッケージに特定の環境を作成しましたが、これはうまくいきました！これは、特に並列バージョンをインストールする必要があるため（スペースにminicondaを使用できます）、最適なソリューションではありませんが、実用的なソリューションです！

1
Matifou

セットアップツールを入手する必要があり、おそらく開発モジュールは次のように入力します

Sudo apt-get install python-setuptools
Sudo apt-get install python-dev

最初にpipをアップグレードして、スムーズに実行することだけを保証するのは理にかなっているかもしれません。

Sudo apt install python-pip

幸運を

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rhubarbdog